معرفی شرکت ها

buty_full-1.0.1

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
1.0.1
1.0

توضیحات

Inferring traits by 16S
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل buty_full-1.0.1
نام buty_full
نسخه کتابخانه 1.0.1
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Anni Zhang
ایمیل نویسنده anniz44@mit.edu
آدرس صفحه اصلی https://github.com/caozhichongchong/BayersTraits_16S
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/buty_full/
مجوز MIT
# buty_full ## Introduction * buty_full infers traits by 16S * input: otu table (-t) and otu sequences (-s) * requirement: mafft * Optional: fasttree ![alt text](https://raw.githubusercontent.com/caozhichongchong/buty_full/master/Methodology.png) ## Install `pip install buty_full`\ in preparation: `anaconda download caozhichongchong/buty_full` ## Availability in preparation: https://anaconda.org/caozhichongchong/buty_full https://pypi.org/project/buty_full ## How to use it 1. test the buty_full\ `buty_full --test` 2. try your data\ `buty_full -t your.otu.table -s your.otu.seqs`\ `buty_full -t your.otu.table -s your.otu.seqs -top 2000` 3. try different traits (default is butyrate production)\ predicting butyrate production\ `buty_full -t your.otu.table -s your.otu.seqs --rs your.own.reference.16s`\ or\ `buty_full -t your.otu.table -s your.otu.seqs --rs your.own.reference.16s --rt b`\ predicting sulfate reduction (in preparation, not yet)\ `buty_full -t your.otu.table -s your.otu.seqs --rs your.own.reference.16s --rt s`\ predicting nitrate reduction (in preparation, not yet)\ `buty_full -t your.otu.table -s your.otu.seqs --rs your.own.reference.16s --rt n` 4. use your own traits\ `buty_full -t your.otu.table -s your.otu.seqs --rs your.own.reference.16s --rt your.own.reference.traits` * your.own.reference.16s is a fasta file containing the 16S sequences of your genomes\ \>Genome_ID1\ ATGC...\ \>Genome_ID2\ ATGC... * your.own.reference.traits is a metadata of whether there's trait in your genomes (0 for no and 1 for yes)\ Genome_ID1 0\ Genome_ID1 1 ## Results The result dir of "Bayers_model": * `filename.infertraits.txt`: the OTUs inferring as butyrate-producing bacteria (1.0, 0.5) and non-butyrate-producing bacteria (0.0). * `filename.infertraits.abu`: the total abundance of butyrate-producing bacteria in all samples. * `filename.infertraits.otu_table`: the otu_table of butyrate-producing bacteria in all samples. The result dir of "Filtered_OTU": * Some temp files of filtered OTUs, alignment, and tree. ## Copyright Copyright: An Ni Zhang, Prof. Eric Alm, Alm Lab in MIT\ Citation: Not yet, coming soon!\ Contact: anniz44@mit.edu


نحوه نصب


نصب پکیج whl buty_full-1.0.1:

    pip install buty_full-1.0.1.whl


نصب پکیج tar.gz buty_full-1.0.1:

    pip install buty_full-1.0.1.tar.gz