معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Inferring traits by 16S

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	buty-phyl-1.0.7
نام	buty-phyl
نسخه کتابخانه	1.0.7
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Anni Zhang
ایمیل نویسنده	anniz44@mit.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/caozhichongchong/BayersTraits_16S
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/buty-phyl/
مجوز	MIT

# buty_phyl ## Introduction * buty_phyl infers traits by 16S * input: otu table (-t) and otu sequences (-s) * requirement: mafft * Optional: fasttree ![alt text](https://raw.githubusercontent.com/caozhichongchong/buty_phyl/master/Methodology.png) ## Install `pip install buty_phyl`\ in preparation: `anaconda download caozhichongchong/buty_phyl` ## Availability in preparation: https://anaconda.org/caozhichongchong/buty_phyl https://pypi.org/project/buty_phyl ## How to use it 1. test the buty_phyl\ `buty_phyl --test` 2. try your data\ `buty_phyl -t your.otu.table -s your.otu.seqs`\ `buty_phyl -t your.otu.table -s your.otu.seqs -top 2000` 3. try different traits (default is butyrate production)\ predicting butyrate production\ `buty_phyl -t your.otu.table -s your.otu.seqs`\ or\ `buty_phyl -t your.otu.table -s your.otu.seqs --rt b`\ predicting sulfate reduction\ `buty_phyl -t your.otu.table -s your.otu.seqs --rt s`\ predicting nitrate reduction\ `buty_phyl -t your.otu.table -s your.otu.seqs --rt n` 4. use your own traits\ `buty_phyl -t your.otu.table -s your.otu.seqs --rs your.own.reference.16s --rt your.own.reference.traits` * your.own.reference.16s is a fasta file containing the 16S sequences of your genomes\ \>Genome_ID1\ ATGC...\ \>Genome_ID2\ ATGC... * your.own.reference.traits is a metadata of whether there's trait in your genomes (0 for no and 1 for yes)\ Genome_ID1 0\ Genome_ID1 1 ## Results The result dir of "Bayers_model": * `filename.infertraits.txt`: the OTUs inferring as butyrate-producing bacteria (1.0), unknown bacteria (0.5), and non-butyrate-producing bacteria (0.0). * `filename.infertraits.abu`: the total abundance of butyrate-producing bacteria. * `filename.infertraits.commensal.abu`: the total abundance of commensal butyrate-producing bacteria. * `filename.infertraits.pathogen.abu`: the total abundance of pathogenic butyrate-producing bacteria. * `filename.infertraits.otu_table`: the otu_table of butyrate-producing bacteria. * `filename.infertraits.commensal.otu_table`: the otu_table of commensal butyrate-producing bacteria. * `filename.infertraits.pathogen.otu_table`: the otu_table of pathogenic butyrate-producing bacteria. * `filename.bpbspecies.commensal.abu`: the abundance of commensal butyrate-producing species. * `filename.bpbspecies.pathogen.abu`: the abundance of pathogenic butyrate-producing species. The result dir of "Filtered_OTU": * Some temp files of filtered OTUs, alignment, and tree. ## Copyright Copyright: An Ni Zhang, Prof. Eric Alm, Alm Lab in MIT\ Citation: Not yet, coming soon!\ Contact: anniz44@mit.edu

نحوه نصب

نصب پکیج whl buty-phyl-1.0.7:

pip install buty-phyl-1.0.7.whl

نصب پکیج tar.gz buty-phyl-1.0.7:

pip install buty-phyl-1.0.7.tar.gz