معرفی شرکت ها

burstH2MM-0.1.7

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.7
0.1.6
0.1.5
0.1.4
0.1.3
0.1.2
0.1.1
0.1.7
0.1.6
0.1.5
0.1.4
0.1.3
0.1.2
0.1.1

توضیحات

API for using H2MM_C with FRETBursts
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل burstH2MM-0.1.7
نام burstH2MM
نسخه کتابخانه 0.1.7
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Paul David Harris
ایمیل نویسنده paul.harris@mail.huji.ac.il
آدرس صفحه اصلی https://github.com/harripd/burstH2MM
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/burstH2MM/
مجوز -
# burstH2MM [![Tests](https://github.com/harripd/burstH2MM/actions/workflows/Test.yml/badge.svg)](https://github.com/harripd/burstH2MM/actions) [![Documentation Status](https://readthedocs.org/projects/bursth2mm/badge/?version=latest)](https://bursth2mm.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest) ## Introduction burstH2MM is a package designed to make processing FRETBursts data with photon-by-photon hidden Markov Modeling (H<sup>2</sup>MM) easy to use, and to calculate things such as E, S, transition rates, and other dwell and model parameters, removing the need to manually recode such details each time. The basic units of burstH2MM are: - **BurstData** the container of a set of photon streams - **H2MM_list** The container for a divisor scheme - **H2MM_resutl** A H<sup>2</sup>MM optimization. This is contains most analysis parameters. Things such as dwell E, dwell S, and dwell mean nanotime While each class can be assigned to a new variable or list, all three classes keep a record of the object they create, and the object that created them. Therefore it is generally encouraged to simply work with the originating BurstData object and refer to all subfield through it following the appropirate referencing of attributes. # Documentation See full documentation at [https://bursth2mm.readthedocs.io](https://bursth2mm.readthedocs.io) # Installation This package can be installed with ```bash $ pip install burstH2MM ``` # Background H<sup>2</sup>MM was developed by [Pirchi and Tsukanov et. al. J. Phys. Chem. B 2016](https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.6b10726), and extended in [Harris et.al. Nat. Comm. 2022](https://doi.org/10.1038/s41467-022-28632-x). This modeule requies the H2MM_C packaged introduced in *Harris et.al.*, and [FRETBursts](https://fretbursts.readthedocs.io/en/latest/), developed by [Ingariola et. al. Plos ONE 2016](https://doi.org/10.1371/journal.pone.0160716) to make the process of anlaysis far easier for single molecule FRET data. When using `burstH2MM` please cite all three papers.


نیازمندی

مقدار نام
>=1.20.1 numpy
>=1.0.3 h2mm-c


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.8 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl burstH2MM-0.1.7:

    pip install burstH2MM-0.1.7.whl


نصب پکیج tar.gz burstH2MM-0.1.7:

    pip install burstH2MM-0.1.7.tar.gz