معرفی شرکت ها
budgitree-0.0.9
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Budgitree newick tree processor
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | budgitree-0.0.9 |
| نام | budgitree |
| نسخه کتابخانه | 0.0.9 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Dr Mark B Schultz |
| ایمیل نویسنده | dr.mark.schultz@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/schultzm/budgitree |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/budgitree/ |
| مجوز | - |
# Budgitree
[](https://circleci.com/gh/schultzm/Budgitree/tree/master)
## Why use this program?
Let's say you have just obtained your phylogenetic tree from FastTree.
This tree will likely contain polytomies, and branch lengths that are so
small that they will be represented in exponential notation.
Some programs will not accept trees with these two features (e.g., ClusterPicker).
You could remove the polytomies with the `ape` package in `R`. But how do you
print the tree to standard out with the branch lengths in standard float format? You could submit
an issue to the developers of your target program and hope they respond with a fix.
Both of these options may delay your workflow. This program provides a python3 solution
to your problems. Given a phylogenetic tree in newick format, `budgitree`
provides an easy way to print your tree to `stdout` with:
1. Polytomies resolved (i.e., tree converted to strictly bifurcating) and/or
2. Exponential notation removed (i.e., branch lengths in float format with user-specified number of decimal places)
3. Collapse branches with support values less than the specified cutoff (default is do nothing)
## Usage
### Get help
```{bash}
$ budgitree
usage: budgitree [-h] ...
Given a newick tree, use this program to resolve polytomies (convert to
bifurcating) and or change the formatting of branch lengths.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
Sub-commands help:
smuggle Smuggle the budgie.
version Print version.
test Run test suite.
```
### Start smuggling
```{bash}
$ budgitree smuggle -h
usage: budgitree smuggle [-h] [-p PRECISION] [-b] [-c COLLAPSE] tree
Process the tree.
positional arguments:
tree Input newick tree
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-p PRECISION, --precision PRECISION
Branch length precision (i.e., number of decimal
places to print).
-b, --dont_bifurcate_polytomies
Switch off conversion of node polytomies to
bifurcating
-c COLLAPSE, --collapse COLLAPSE
Collapse nodes with support values less than this.
```
#### Collapse branches
Collapse branches with less than 0.5 support:
```{bash}
budgitree smuggle treefile.tre -c 0.50`
```
#### Print tree with branch supports to 20 decimal places (remove exponential notation):
```{bash}
budgitree smuggle treefile.tre -p 20
```
#### Stop removal of polytomies during run:
If for some reason you would like to retain the polytomies, switch the feature off:
```{bash}
budgitree smuggle treefile.tre -b
```
#### Combine the options
Remove polytomies, print branch lengths to 15 decimal places, collapse nodes <0.5:
```{bash}
budgitree smuggle treefile.tre -p 15 -c 0.5
```
## Installation
Using `pip`:
```{bash}
pip3 install budgitree
```
The development version:
```{bash}
pip3 install git+https://github.com/schultzm/Budgitree.git
```
## Testing
Run the test suite to check the software works as intended:
```{bash}
budgitree test
```
## Version
Print the version to stdout:
```{bash}
budgitree version
```
## Etymology
The budgerigar, or "budgie", is an Australian bird (_Melopsittacus undulatus_), keeping
with an Australian theme after @tseemann. The software sets digits on branches – if you
are imaginative, that kind of sounds like `budgit`. `tree` is because it operates on
phylogenetic trees. The `smuggle` feature of `budgitree` has to do with an Australian
joke involving budgie and swimwear.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.1.1 | ete3 |
| >=1.74 | biopython |
| >=1.13.0 | six |
| - | pre-commit |
| - | pipenv |
| - | pytest |
| - | pytest-cov |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.7 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl budgitree-0.0.9:
pip install budgitree-0.0.9.whl
نصب پکیج tar.gz budgitree-0.0.9:
pip install budgitree-0.0.9.tar.gz