معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Bubble plot or heatmap ordered by phylogenetic tree

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bubbletree-1.2
نام	bubbletree
نسخه کتابخانه	1.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Allison E. Mann
ایمیل نویسنده	amann3@clemson.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/aemann01/bubbleTree
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bubbletree/
مجوز	-

# Bubble Tree [![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.5114948.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.5114948) ![example](img/figexample.png) BubbleTree generates a Cleveland dot plot or heatmap ordered by a corresponding phylogenetic tree. Required input: a tab separated frequency table (i.e., with taxa as rows and samples as columns), a newick, nexus, nexml, phyloxml, or cdao formated tree, and a tab separated file with sample metdata. See example files for formatting requirements. ### Prerequisites Bubble tree is written with python 3+ and relies on the following packages: * [BioPython](https://biopython.org/) * [Matplotlib](https://matplotlib.org/) * [Pandas](https://pandas.pydata.org/) * [Numpy](http://www.numpy.org/) * [Seaborn](https://seaborn.pydata.org/) ### Install with pip ``` pip install bubbletree ``` ### Install with conda ``` conda install -c aemann01 bubbletree ``` ### Examples Generate a heatmap figure ordered by the mapping.txt column Habitat2 ``` bubbletree.py -i examples/biom.txt -t examples/tree.tre -m examples/map.txt -c Habitat2 -d heatmap -s sampleID -a ASVID ``` Generate a bubble chart figure colored and ordered by the mapping.txt column Species and view the tree structure in ASCII format to screen ``` bubbletree.py -i examples/biom.txt -t examples/tree.tre -m examples/map.txt -c Species -d bubblechart -p True -s sampleID -a ASVID ``` Generate a bubble chart figure colored and ordered by the mapping.txt column Genus on a remote cluster (Disables the automatic $DISPLAY environment varible used by matplotlib) ``` bubbletree.py -i examples/biom.txt -t examples/tree.tre -m examples/map.txt -c Genus -d bubblechart -r True -s sampleID -a ASVID ``` Help and parameter description ``` bubbletree.py -h ```

نحوه نصب

نصب پکیج whl bubbletree-1.2:

pip install bubbletree-1.2.whl

نصب پکیج tar.gz bubbletree-1.2:

pip install bubbletree-1.2.tar.gz