معرفی شرکت ها


brs-libs-0.3.0


Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

'libraries for rptools'
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل brs-libs-0.3.0
نام brs-libs
نسخه کتابخانه 0.3.0
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده 'melchior du lac, joan hérisson'
ایمیل نویسنده joan.herisson@univ-evry.fr
آدرس صفحه اصلی https://github.com/brsynth/brs_libs
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/brs-libs/
مجوز MIT
# brs-libs [![Anaconda-Server Badge](https://anaconda.org/brsynth/brs_libs/badges/latest_release_date.svg)](https://anaconda.org/brsynth/brs_libs) [![Anaconda-Server Badge](https://anaconda.org/brsynth/brs_libs/badges/version.svg)](https://anaconda.org/brsynth/brs_libs) Libraries for rpTools: * rpSBML * rpCache * inchikeyMIRIAM ## rpSBML Defines SBML structure with additional fields relative to [RetroPath2](https://github.com/brsynth/RetroPath2-wrapper) objects. <!-- ### Prerequisites * Python 3 with the following modules: * python-libsbml * [RDKit](https://www.RDKit.org) --> ## rpCache ### Memory management #### File mode This is the default mode. All cache data are stored into files on disk and loaded in memory each time the tool is used. In this mode, fingerprint in memory is equal to the size of cache files loaded in memory multiplied by the number of processes which are running at the same time. Option can be specified by `--store-mode file`. #### DB mode In order to save memory space, cache data can be loaded once in a database (redis) so that the memory space taken is equal to one instance of the cache, whatever the number of processes whic are running. Option can be specified by `--store-mode <db_host>`, where `db_host` is the hostname on which redis server is running. ### Install #### From pip rpCompletion requires [RDKit](https://www.RDKit.org) which is not available through pip. It can be installed through Conda: ```sh [sudo] conda install -c conda-forge rdkit ``` Then, install `brs_libs`: ```sh [sudo] python -m pip install brs_libs ``` #### From Conda ```sh [sudo] conda install -c brsynth -c conda-forge brs_libs ``` ### Use #### Load rpCache in memory **Full cache into files** ```python from brs_libs import rpCache rpcache = rpCache(db='file') print(rpcache.cid_src) ``` **Full cache into Redis DB** For multiple instances of rpCache simultaneously, rpCache can be loaded into one single Redis database: ```python from brs_libs import rpCache rpcache = rpCache(db='localhost') print(rpcache.cid_src) ``` `localhost` means that rpCache will look for a redis database locally. If there is not, it will start a brand new redis server. `localhost` could be replaced by any hostname that hosts the Redis database. **A part of cache** For less loading time and memory footprint, a part of the cache can be loaded: ```python from brs_libs import rpCache rpcache = rpCache(attrs='cid_strc') print(rpcache.cid_src) ``` #### (Re-)generate the cache **From Python code** ```python from brs_libs import rpCache rpCache.generate_cache(outdir) ``` **From CLI** After having installed brs_libs Python module: ```sh python -m brs_libs --gen_cache <folder> ``` ### Test Please follow instructions below ti run tests: ``` cd tests ./test-in-docker.sh ``` ## inchikeyMIRIAM Uses the rpCache to parse an SBML file to find all the chemical species, and try to recover the inchikey and add it to the MIRIAM annotation. ## Authors * **Melchior du Lac** * **Joan Hérisson** ## Acknowledgments * Thomas Duigou ## Licence brs_libs is released under the MIT licence. See the LICENCE file for details.


نیازمندی

مقدار نام
- python-libsbml
- numpy
- pandas
- brs-utils
- credisdict
- redis
- requests
- colored


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.5 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl brs-libs-0.3.0:

    pip install brs-libs-0.3.0.whl


نصب پکیج tar.gz brs-libs-0.3.0:

    pip install brs-libs-0.3.0.tar.gz