معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

To filter the sequences by translating the protein coding genes (PCGs) with proper genetic code table, if one of the PCGs has interal stop codon, filter out this sequence. See https://github.com/linzhi2013/breakSeqInNs_then_translate

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	breakSeqInNs-then-translate-0.0.1
نام	breakSeqInNs-then-translate
نسخه کتابخانه	0.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Guanliang Meng
ایمیل نویسنده	mengguanliang@foxmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/linzhi2013/breakSeqInNs_then_translate
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/breakSeqInNs-then-translate/
مجوز	-

# breakSeqInNs_then_translate ## 1 Introduction `breakSeqInNs_then_translate` is a tool to filter the sequences by translating the protein coding genes (PCGs) with proper genetic code table, if one of the PCGs has interal stop codon, filter out this sequence. By Guanliang MENG, see https://github.com/linzhi2013/breakSeqInNs_then_translate. ## 2 Installation pip install breakSeqInNs_then_translate There will be a command `breakSeqInNs_then_translate` created under the same directory as your `pip` command. ## 3 Usage $ breakSeqInNs_then_translate usage: breakSeqInNs_then_translate.py [-h] [-seq <seq>] [-seqfile <file>] [-seqformat {fa,gb}] [-code <int>] [-nb] [-gb_genes <int>] [-maxStopGenes <int>] Filter the sequences by translating the protein coding genes (PCGs) with proper genetic code table, if one of the PCGs has interal stop codon, filter out this sequence. Beware: if the seq has Ns, then this script will translate the sub seqs with three frames (0, 1, 2), only when all these three kinds of frames have interal stopCodon the seq will be treated as have InternalStop!. By Guanliang MENG, see https://github.com/linzhi2013/breakSeqInNs_then_translate optional arguments: -h, --help show this help message and exit -seq <seq> input sequence -seqfile <file> input fasta or genbank file -seqformat {fa,gb} input -seqfile format [fa] -code <int> genetic code table [1] -nb do not break sequence in Ns when translate [break] -gb_genes <int> if a genbank record has no less than -gb_genes PCGs and no more than -maxStopGenes PCGs has InternalStops, we keep this record. But if a genbank record has less than -gb_genes PCGs, then we will discard this record if any of its PCGs has InternalStops. This is because we may want to tolerate some assembly/sequencing errors. This has no effect on fasta input file. [5] -maxStopGenes <int> the maximum number of PCGs can have InternalStops in a genbank record if do not discard it [0] ## 4 Author Guanliang MENG ## 5 Citation Currently I have no plan to publish `breakSeqInNs_then_translate`. However, since `breakSeqInNs_then_translate` makes use of `Biopython`, you should also cite it if you use `breakSeqInNs_then_translate` in your work: Peter J. A. Cock, Tiago Antao, Jeffrey T. Chang, Brad A. Chapman, Cymon J. Cox, Andrew Dalke, Iddo Friedberg, Thomas Hamelryck, Frank Kauff, Bartek Wilczynski, Michiel J. L. de Hoon: “Biopython: freely available Python tools for computational molecular biology and bioinformatics”. Bioinformatics 25 (11), 1422–1423 (2009). https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 Please go to `http://www.biopython.org/` for more details.

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl breakSeqInNs-then-translate-0.0.1:

pip install breakSeqInNs-then-translate-0.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz breakSeqInNs-then-translate-0.0.1:

pip install breakSeqInNs-then-translate-0.0.1.tar.gz