معرفی شرکت ها
brainrender-2.0.5.5
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Visualisation and exploration of brain atlases and other anatomical data
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | brainrender-2.0.5.5 |
| نام | brainrender |
| نسخه کتابخانه | 2.0.5.5 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Federico Claudi, Adam Tyson, Luigi Petrucco |
| ایمیل نویسنده | - |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/brainglobe/brainrender |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/brainrender/ |
| مجوز | - |
# Brainrender
<p align="center">
<img width="1200" src="imgs/three_atlases.png">
</p>
[](https://pypi.org/project/brainrender)
[](https://pypi.org/project/brainrender)
[](https://travis-ci.com/brainglobe/brainrender)
[](https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0)
[](https://coveralls.io/github/brainglobe/brainrender)
[](https://github.com/python/black)
**!! NOTE: you're looking at brainrender v2.0**
We have recently released a new version of `brainrender`, version 2.0 (:tada:). This consists of an entire re-writing of the whole library to make the code cleaner, more compact. easier to read and easier to use.
We've also included a new GUI packaged with `brainrender`.
However, this does mean that code written to work with previous versions of `brainrender` will need to be adjusted slightly to work with the newer versions.
If you are transitioning to the new `brainrender` version, please reade [the guide we have put together](https://docs.brainrender.info/usage/overview/v1-greater-than-v2) about moving from v1.0 to v2.0.
**`brainrender` is a python package for the visualization of three dimensional neuro-anatomical data. It can be used to render data from publicly available data set (e.g. Allen Brain atlas) as well as user generated experimental data. The goal of brainrender is to facilitate the exploration and dissemination of neuro-anatomical data by providing a user-friendly platform to create high-quality 3D renderings.**
## Docs
:books: [brainrender docs](https://docs.brainrender.info/).
:paper: [brainrender paper](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.23.961748v1.article-metrics)
## Installation
You can [install `brainrender`](https://docs.brainrender.info/installation/installation) with:
```
pip install brainrender
```
## Contributing
Contributions to brainrender are more than welcome. Please see the [contributing guide](https://github.com/brainglobe/.github/blob/main/CONTRIBUTING.md).
## Citing brainrender
If you use `brainrender` in your work, please cite:
```
Claudi, Federico, Adam L. Tyson, and Tiago Branco. 2020. “Brainrender. A Python Based Software for Visualisation of Neuroanatomical and Morphological Data.” Cold Spring Harbor Laboratory. https://doi.org/10.1101/2020.02.23.961748.
```
## Examples
The following images were created for the publication of the [brainrender paper](https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.02.23.961748v1.article-metrics). References to the original data being visualised can also be found in the paper.
<p align="center">
<img src='imgs/cellfinder_cells_3.png' width=500 style='margin:auto'></img>
</p>
<p align="center">
<img src='imgs/gene_expression.png' width=500 style='margin:auto'></img>
</p>
<p align="center">
<img src='imgs/human_regions.png' width=500 style='margin:auto'></img>
</p>
<p align="center">
<img src='imgs/injection_2.png' width=500 style='margin:auto'></img>
</p>
<p align="center">
<img src='imgs/mouse_neurons_2.png' width=500 style='margin:auto'></img>
</p>
<p align="center">
<img src='imgs/probes.png' width=500 style='margin:auto'></img>
</p>
<p align="center">
<img src='imgs/zfish_functional_clusters_2.png' width=500 style='margin:auto'></img>
</p>
<p align="center">
<img src='imgs/zfish_neurons.png' width=500 style='margin:auto'></img>
</p>
<p align="center">
<img src='imgs/zfish_regions.png' width=500 style='margin:auto'></img>
</p>
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | numpy |
| - | pandas |
| ==2021.0.5 | vedo |
| ==2.7.4 | k3d |
| - | msgpack |
| >=5.3 | pyyaml |
| >=0.1.3.0 | morphapi |
| - | requests |
| >=1.0.0 | bg-atlasapi |
| - | tables |
| >=0.0.8 | pyinspect |
| - | qtpy |
| - | myterial |
| - | loguru |
| - | pytest-cov |
| - | pytest-qt |
| - | pytest |
| - | pytest-sugar |
| - | coveralls |
| <=4.5.4 | coverage |
| - | black |
| - | flake8 |
| - | pre-commit |
| - | opencv-python |
| - | jupyter |
| - | allensdk |
| >=5.12.3 | PySide2 |
| - | k3d |
| - | imio |
| - | black |
| - | flake8 |
| - | jupyter |
| - | k3d |
| >=5.12.3 | PyQt5 |
| >=5.12.3 | PySide2 |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl brainrender-2.0.5.5:
pip install brainrender-2.0.5.5.whl
نصب پکیج tar.gz brainrender-2.0.5.5:
pip install brainrender-2.0.5.5.tar.gz