معرفی شرکت ها
brainreg-segment-0.2.8rc0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Manual segmentation of 3D brain structures in a common anatomical space
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | brainreg-segment-0.2.8rc0 |
| نام | brainreg-segment |
| نسخه کتابخانه | 0.2.8rc0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Adam Tyson, Horst Obenhaus |
| ایمیل نویسنده | code@adamltyson.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://brainglobe.info/ |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/brainreg-segment/ |
| مجوز | BSD-3-Clause |
[](https://pypi.org/project/brainreg-segment)
[](https://pypi.org/project/brainreg-segment)
[](https://pypi.org/project/brainreg-segment)
[](https://github.com/brainglobe/brainreg-segment)
[](
https://github.com/brainglobe/brainreg-segment/actions)
[](https://coveralls.io/github/brainglobe/brainreg-segment?branch=master)
[](https://github.com/python/black)
[](https://twitter.com/brain_globe)
# brainreg-segment
Segmentation of 1/2/3D brain structures in a common anatomical space
`brainreg-segment` is a companion to [`brainreg`](https://github.com/brainglobe/brainreg) allowing manual segmentation of regions/objects within the brain (e.g. injection sites, probes etc.) allowing for automated analysis of brain region distribution, and visualisation (e.g. in [brainrender](https://github.com/BrancoLab/brainrender)).
`brainreg-segment` and `brainreg` were developed by [Adam Tyson](https://github.com/adamltyson) and [Charly Rousseau](https://github.com/crousseau) in the [Margrie Lab](https://www.sainsburywellcome.org/web/groups/margrie-lab), based on [aMAP](https://doi.org/10.1038/ncomms11879) by [Christian Niedworok](https://github.com/cniedwor). The work was generously supported by the [Sainsbury Wellcome Centre](https://www.sainsburywellcome.org/web/).
## Installation
brainreg-segment comes bundled with [`brainreg`](https://github.com/brainglobe/brainreg), so see the [brainreg installation instructions](https://docs.brainglobe.info/brainreg/installation).
brainreg-segment can be installed on it's own (`pip install brainreg-segment`), but you will need to register your data with brainreg first.
## Usage
See [user guide](https://docs.brainglobe.info/brainreg-segment/user-guide).
If you have any questions, head over to the [image.sc forum](https://forum.image.sc/tag/brainglobe).
## Contributing
Contributions are very welcome. Please see the [contributing guide](https://github.com/brainglobe/.github/blob/main/CONTRIBUTING.md).
### Citing brainreg-segment
If you find brainreg-segment useful, and use it in your research, please let us know and also cite the paper:
> Tyson, A. L., Vélez-Fort, M., Rousseau, C. V., Cossell, L., Tsitoura, C., Lenzi, S. C., Obenhaus, H. A., Claudi, F., Branco, T., Margrie, T. W. (2022). Accurate determination of marker location within whole-brain microscopy images. Scientific Reports, 12, 867 [doi.org/10.1038/s41598-021-04676-9](https://doi.org/10.1038/s41598-021-04676-9)
---
The BrainGlobe project is generously supported by the Sainsbury Wellcome Centre and the Institute of Neuroscience, Technical University of Munich, with funding from Wellcome, the Gatsby Charitable Foundation and the Munich Cluster for Systems Neurology - Synergy.
<img src='https://brainglobe.info/images/logos_combined.png' width="550">
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | numpy |
| - | tables |
| - | scikit-image |
| - | pandas |
| >=0.4.5 | napari |
| >=0.1.4 | napari-plugin-engine |
| >=0.0.26 | imlib |
| >=2.15.0 | dask |
| - | imio |
| - | brainglobe-napari-io |
| - | black |
| - | pytest-cov |
| - | pytest |
| - | pytest-qt |
| - | coverage |
| - | bump2version |
| - | pre-commit |
| - | flake8 |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.7 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl brainreg-segment-0.2.8rc0:
pip install brainreg-segment-0.2.8rc0.whl
نصب پکیج tar.gz brainreg-segment-0.2.8rc0:
pip install brainreg-segment-0.2.8rc0.tar.gz