معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

brain extraction in python

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	brainextractor-0.2.1
نام	brainextractor
نسخه کتابخانه	0.2.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	Andrew Van <vanandrew@wustl.edu>
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/brainextractor/
مجوز	MIT License

# brainextractor A reimplementation of FSL's Brain Extraction Tool in Python. Follows the algorithm as described in: ``` Smith SM. Fast robust automated brain extraction. Hum Brain Mapp. 2002 Nov;17(3):143-55. doi: 10.1002/hbm.10062. PMID: 12391568; PMCID: PMC6871816. ``` https://user-images.githubusercontent.com/3641187/190677589-be019bc6-60e4-4e96-8c71-266285ab0755.mp4 ## Install To install, simply use `pip` to install this repo: ``` # install from pypi pip install brainextractor # install repo with pip pip install git+https://github.com/vanandrew/brainextractor@main # install from local copy pip install /path/to/local/repo ``` Note that it is recommended to use `brainextractor` on python 3.7+ ## Usage To extract a brain mask from a image, you can call: ``` # basic usage brainextractor [input_image] [output_image] # example brainextractor /path/to/test_image.nii.gz /path/to/some_output_image.nii.gz ``` You can adjust the fractional intensity with the `-f` flag: ``` # with custom set threshold brainextractor [input_image] [output_image] -f [threshold] # example brainextractor /path/to/test_image.nii.gz /path/to/some_output_image.nii.gz -f 0.4 ``` To view the deformation process, you can use the `-w` flag to write the surfaces to a file. Then use `brainextractor_render` to view them: ``` # writes surfaces to file brainextractor [input_image] [output_image] -w [surfaces_file] # load surfaces and render brainextractor_render [surfaces_file] # example brainextractor /path/to/test_image.nii.gz /path/to/some_output_image.nii.gz -w /path/to/surface_file.surfaces brainextractor_render /path/to/surface_file.surfaces ``` If you need an explanation of the options at any time, simply run the help: ``` brainextractor --help ``` If you need to call Brainextractor directly from python: ```python # import the nibabel library so we can read in a nifti image import nibabel as nib # import the BrainExtractor class from brainextractor import BrainExtractor # read in the image file first input_img = nib.load("/content/MNI.nii.gz") # create a BrainExtractor object using the input_img as input # we just use the default arguments here, but look at the # BrainExtractor class in the code for the full argument list bet = BrainExtractor(img=input_img) # run the brain extraction # this will by default run for 1000 iterations # I recommend looking at the run method to see how it works bet.run() # save the computed mask out to file bet.save_mask("/content/MNI_mask.nii.gz") ```

نیازمندی

مقدار	نام
>=0.51.2	numba
>=3.2.1	nibabel
>=3.8.15	trimesh
>=1.19.4	numpy
>=1.5.4	scipy
>=0.1.43	pyrender
>=22.0	black

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl brainextractor-0.2.1:

pip install brainextractor-0.2.1.whl

نصب پکیج tar.gz brainextractor-0.2.1:

pip install brainextractor-0.2.1.tar.gz