معرفی شرکت ها
brain-atlas-toolkit-0.4.3
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A set of tools for navigating, viewing and manipulating hierarchical brain atlases
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | brain-atlas-toolkit-0.4.3 |
| نام | brain-atlas-toolkit |
| نسخه کتابخانه | 0.4.3 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Austin Hoag |
| ایمیل نویسنده | austinthomashoag@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/BrainCOGS/brain_atlas_toolkit |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/brain-atlas-toolkit/ |
| مجوز | - |
# Brain Atlas Toolkit
This package is intended as a toolkit for manipulating hierarchical brain atlases. For example, the Allen Mouse Brain Atlas has a parent-child ontology of this structure:
```python
{
"id": 997,
"acronym": "root",
"name": "root",
"graph_order": 0,
"parent_structure_id": null,
"children": [
{
"id": 8,
"acronym": "grey",
"name": "Basic cell groups and regions",
"graph_order": 1,
"parent_structure_id": 997,
"children": [
{
"id": 567,
"acronym": "CH",
"name": "Cerebrum",
"graph_order": 2,
"parent_structure_id": 8,
"children": [
...
```
## Requirements
- python>=3.7
- A system-wide installation of graphviz: https://www.graphviz.org/ if you are going to use any of the visualization tools in this package.
## Examples
### Load a custom brain atlas from JSON file
```python
from brain_atlas_toolkit import graph_tools
import json
json_file = "allen_ontology.json"
with open(json_file,'r') as infile:
ontology_dict = json.load(infile)
```
Note that this JSON file must have the structure of the example ontology shown above. The minimal set of keys in each element are:
- id
- name
- parent_structure_id
### Initialize ontology graph
```python
ontology_graph = graph_tools.Graph(ontology_dict)
```
### Get all progeny (a.k.a. descendents or subregions) of a region of interest returned in a flattened list
```python
ontology_graph.get_progeny('Somatomotor areas')
```
which returns:
```
['Somatomotor areas, Layer 1', 'Somatomotor areas, Layer 2/3', 'Somatomotor areas, Layer 5', 'Somatomotor areas, Layer 6a', 'Somatomotor areas, Layer 6b', 'Primary motor area', 'Primary motor area, Layer 1', 'Primary motor area, Layer 2/3', 'Primary motor area, Layer 5', 'Primary motor area, Layer 6a', 'Primary motor area, Layer 6b', 'Secondary motor area', 'Secondary motor area, layer 1', 'Secondary motor area, layer 2/3', 'Secondary motor area, layer 5', 'Secondary motor area, layer 6a', 'Secondary motor area, layer 6b']
```
### Get the parent name of a region of interest
```python
ontology_graph.get_parent('Somatomotor areas')
```
which returns:
```
Isocortex
```
### Get the integer id of a region of interest
```python
ontology_graph.get_id('Somatomotor areas')
```
which returns:
```
500
```
### Get the acronym name of a region of interest
```python
ontology_graph.get_parent('Somatomotor areas')
```
which returns:
```
MO
```
### Print a branch of the ontology
```python
ontology_graph.print_branch('Somatomotor areas')
```
which returns
```
0 Somatomotor areas
1 Somatomotor areas, Layer 1
1 Somatomotor areas, Layer 2/3
1 Somatomotor areas, Layer 5
1 Somatomotor areas, Layer 6a
1 Somatomotor areas, Layer 6b
1 Primary motor area
2 Primary motor area, Layer 1
2 Primary motor area, Layer 2/3
2 Primary motor area, Layer 5
2 Primary motor area, Layer 6a
2 Primary motor area, Layer 6b
1 Secondary motor area
2 Secondary motor area, layer 1
2 Secondary motor area, layer 2/3
2 Secondary motor area, layer 5
2 Secondary motor area, layer 6a
2 Secondary motor area, layer 6b
```
### Print a branch of the ontology and control the depth of the tree
```python
ontology_graph.print_branch('Somatomotor areas',stoplevel=1)
```
which returns
```
0 Somatomotor areas
1 Somatomotor areas, Layer 1
1 Somatomotor areas, Layer 2/3
1 Somatomotor areas, Layer 5
1 Somatomotor areas, Layer 6a
1 Somatomotor areas, Layer 6b
1 Primary motor area
1 Secondary motor area
```
The default stoplevel value is -1, which means print the entire tree to max depth.
### Visualize a branch of the ontology
```python
digraph = ontology_graph.visualize_graph('Somatomotor areas',level=2)
digraph.format='png' # control the image type; supports png, pdf and other formats
digraph.view()
```
The last line will save and then open up an image in your default image viewer application. The image should look like this (click image to view zoomed in version):
<img src="src/static/Digraph.gv.png" alt="https://github.com/BRAINCoGS/brain_atlas_toolkit/blob/master/src/static/Digraph.gv.png
">
For full documentation of the `digraph` object, see the graphviz Python API documentation: https://graphviz.readthedocs.io/en/stable/
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | graphviz |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.7 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl brain-atlas-toolkit-0.4.3:
pip install brain-atlas-toolkit-0.4.3.whl
نصب پکیج tar.gz brain-atlas-toolkit-0.4.3:
pip install brain-atlas-toolkit-0.4.3.tar.gz