معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

End-guided transcript assembler for short and long RNA-seq reads.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	OS Independent
نام فایل	bookend-rna-1.0.1
نام	bookend-rna
نسخه کتابخانه	1.0.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Michael A. Schon
ایمیل نویسنده	michael.schon@gmi.oeaw.ac.at
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/Gregor-Mendel-Institute/bookend
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bookend-rna/
مجوز	-

# /| bookend |\\ ### End-guided transcriptome assembly. Bookend is a comprehensive framework for end-guided assembly of short-read, long-read, and end-capture RNA-seq data. Please see the [User Guide](Bookend_User_Guide.pdf) for a full description of the subcommands and arguments. The lastest developments can be found in the [Bookend GitHub repository](https://github.com/Gregor-Mendel-Institute/bookend). ## Installation Bookend can be installed through the Python Package Index (PyPI) on UNIX systems with Python 3.6+ using the command: ``` pip install bookend-rna ``` If installing from the GitHub source code, perform the following steps: ``` git clone https://github.com/Gregor-Mendel-Institute/bookend cd bookend python3 setup.py install ``` Once installed, all utilities can be accessed on the command as bookend subcommands: usage: bookend [subcommand] [options] [input file(s)] Subcommands (use -h/--help for more info): label (Label 5' and 3' ends in a FASTQ file) elr (Convert a BAM/SAM file to the end-labeled read format) assemble (Assemble transcripts from aligned end-labeled reads) condense (Partial assembly that leaves keeps all fragments; use for meta-assembly) classify (Compare an assembly to the transcripts of a reference annotation) bedgraph (Write a coverage Bedgraph file of end-labeled reads) fasta (Write a transcript FASTA file from an annotation and genome) --end-labeled read (ELR) operations-- elr-sort elr-subset elr-combine --file conversion-- gtf-to-bed gtf-ends bed-to-elr elr-to-bed sam-to-sj sj-to-bed sj-merge

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl bookend-rna-1.0.1:

pip install bookend-rna-1.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz bookend-rna-1.0.1:

pip install bookend-rna-1.0.1.tar.gz