معرفی شرکت ها
bold_retriever-1.0.0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
It queries the BOLD database to get identification of taxa based on COI sequences
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | bold_retriever-1.0.0 |
| نام | bold_retriever |
| نسخه کتابخانه | 1.0.0 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Carlos Pena |
| ایمیل نویسنده | mycalesis@gmail.com |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/carlosp420/bold_retriever |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/bold_retriever/ |
| مجوز | GPL v3 |
==============
Bold Retriever
==============
|Pypi index| |Build Status| |Cover alls| |Dependencies status| |Download numbers|
This script accepts FASTA files containing COI sequences. It queries the BOLD
database http://boldsystems.org/ in order to get the taxa identification
based on the sequences.
Run this way
------------
* clone repository::
cd $USERAPPL
git clone https://github.com/carlosp420/bold_retriever.git
* install dependencies (python2.7)::
cd bold_retriever
module load biopython-env
pip install -r requirements.txt
* run software
You have to choose one of the databases available from BOLD
http://www.boldsystems.org/index.php/resources/api?type=idengine
and enter it as argument:
* COX1_SPECIES
* COX1
* COX1_SPECIES_PUBLIC
* COX1_L640bp
For example::
python bold_retriever.py -f ZA2013-0565.fasta -db COX1_SPECIES
* output::
seq_id bold_id similarity division class order family species collection_country
OTU_99 FBNE064-11 1 animal Insecta Neuroptera Hemerobiidae Hemerobius pini Germany
OTU_99 NEUFI079-11 1 animal Insecta Neuroptera Hemerobiidae Hemerobius pini Finland
OTU_99 FBNE172-13 0.9937 animal Insecta Neuroptera Hemerobiidae Hemerobius atrifrons Germany
OTU_99 FBNE162-13 0.9936 animal Insecta Neuroptera Hemerobiidae Hemerobius contumax Austria
OTU_99 TTSOW138-09 0.9811 animal Insecta Neuroptera Hemerobiidae Hemerobius ovalis Canada
OTU_99 CNPAH380-13 0.9811 animal Insecta Neuroptera Hemerobiidae Hemerobius Canada
OTU_99 CNKOF1602-14 0.9811 animal Insecta Neuroptera Hemerobiidae Hemerobius pinidumus Canada
OTU_99 NRAS173-11 0.9748 animal Insecta Neuroptera Hemerobiidae Hemerobius conjunctus Canada
OTU_99 SSBAE2911-13 0.9748 animal Collembola None None Collembola Canada
OTU_99 CNPAQ117-13 0.9686 animal Insecta Neuroptera Hemerobiidae Hemerobius humulinus Canada
Speed
-----
**bold_retriever** uses the library Twisted for performing asynchronous calls.
This speeds up the total processing time:
|benchmarks|
Full documentation
------------------
See the full documentation at http://bold-retriever.readthedocs.org
.. |Pypi index| image:: https://badge.fury.io/py/bold_retriever.svg
:target: http://badge.fury.io/py/bold_retriever
.. |Build Status| image:: https://travis-ci.org/carlosp420/bold_retriever.png?branch=master
:target: https://travis-ci.org/carlosp420/bold_retriever
.. |Cover alls| image:: https://img.shields.io/coveralls/carlosp420/bold_retriever.svg
:target: https://coveralls.io/r/carlosp420/bold_retriever?branch=master
.. |Dependencies status| image:: https://gemnasium.com/carlosp420/bold_retriever.svg
:target: https://gemnasium.com/carlosp420/bold_retriever
.. |Download numbers| image:: https://pypip.in/download/bold_retriever/badge.svg
:target: https://crate.io/packages/bold_retriever
:alt: Downloads
.. |benchmarks| image:: benchmarks.png
:alt: benchmarks
History
-------
* v1.0.0: Using Twisted for asynchronous calls and increase in speed.
* v0.2.4: Reorganizing columns in output file. Querying the API for family
name of taxa.
* v0.2.2: Killed bug taxon search.
* v0.2.1: Killed bug in scraping web ``Public_BIN`` for species ID.
* v0.2.0: Scraping web ``Public_BIN`` for species ID.
* v0.1.9: Added request_id test and option to run fuction in debug mode.
* v0.1.8: Fixed bug for exception when BOLD sends empty list of taxon names.
* v0.1.7: Fixed bug for exception when BOLD sends empty list of taxon names.
* v0.1.6: Append taxon identification results to file as we get them.
* v0.1.5: Additionat tests coverage 92%
* v0.1.4: Fixed bug in taxon_search function
* v0.1.3: Coverage 75%
* v0.1.2: Pep8 and test coverage 69%
* v0.1.1: Packaged as Python module.
* v0.1.0: You can specify which BOLD datase should be used for BLAST of FASTA sequences.
* v0.0.7: Catching exception for NULL, list and text returned instead of XML from BOLD.
* v0.0.6: Catching exception for malformed XML from BOLD.
* v0.0.5: Catch exception when BOLD sends funny data such as ``{"481541":[]}``.
نحوه نصب
نصب پکیج whl bold_retriever-1.0.0:
pip install bold_retriever-1.0.0.whl
نصب پکیج tar.gz bold_retriever-1.0.0:
pip install bold_retriever-1.0.0.tar.gz