معرفی شرکت ها

bloby-1.2.1

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Package that performs blob detection on 3D TIF Stacks
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل bloby-1.2.1
نام bloby
نسخه کتابخانه 1.2.1
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Srivathsa PV, Vikram Chandrashekhar
ایمیل نویسنده pv.srivathsa@gmail.com, vikramc@jhmi.edu
آدرس صفحه اصلی https://github.com/NeuroDataDesign/bloby
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/bloby/
مجوز -
# _bloby_ Package that performs blob detection on 3D TIF Stacks <br/> ## Sytem Requirements The recommended way to use this package is to install [Docker](https://store.docker.com/search?offering=community&type=edition). Docker is currently available on OS X El Capitan 10.11 and newer macOS releases, the following Ubuntu versions: Zesty 17.04 (LTS), Yakkety 16.10, Xenial 16.04 (LTS), Trusty 14.04 (LTS), and Windows 10. ### Software Dependencies (with version numbers) The only software dependency needed if using the recommended method is Docker. The following dependencies are included in the Docker Image. Python depedencies: colorama --- 0.3.9<br/> scikit_image --- 0.13.1<br/> scipy --- 1.0.0<br/> numpy --- 1.13.1<br/> requests --- 2.18.4<br/> intern --- 0.9.4<br/> tifffile --- 0.12.1<br/> tqdm --- 4.19.5<br/> matplotlib --- 2.1.0<br/> progressbar2 --- 3.34.3<br/> scikit_learn --- 0.19.1<br/> pyfiglet --- 0.7.5<br/> ### Versions tested on We have tested the Docker image and build on macOS High Sierra (on MacBook Pro with 2.9 GHz Intel Core i7 and 16 GB RAM) and Ubuntu Xenial 16.04.3 LTS. ## Installation Guide Once Docker is installed on your machine, pull the `srivathsapv/bloby` image from Docker Hub [here](https://hub.docker.com/r/srivathsapv/bloby) as follows: <br/> ``` docker pull srivathsapv/bloby ``` It will typically take around 3 minutes to pull the entire Docker image. ## Demo ### Instructions to run on data Create a `.docker-env` file and add your `BOSS_TOKEN` value as follows. This is needed to upload the detected centroids to BOSS for visualization ``` BOSS_TOKEN=<your_boss_token> ``` In order to use the functionality built into this Docker image, you need to run the Docker image: ``` docker run -p 3000:3000 --env-file .docker-env srivathsapv/bloby ``` This should print a link to the terminal console that looks like this: <br/> ``` http://0.0.0.0:3000/?token=SOME_TOKEN ``` Go to this link in your browser by copying and pasting it. <br/> Next, click on `Package Usage.ipynb`. Once the notebook opens, you can run all cells by clicking on 'Cell' and then 'Run All'. The expected run time for this demo is < 10 seconds. ### Expected Output You should see a message showing the successful upload to BOSS with a URL! ## Congrats, you've succesfully run _bloby_! ## Other resources: * [Blob detection algorithm pseudocode](https://github.com/NeuroDataDesign/bloby/wiki/Detection-Algorithm-Pseudocode) * [Dev docs](https://neurodatadesign.github.io/bloby/)


نیازمندی

مقدار نام
- tifffile
- scikit-image
- scikit-learn
- tqdm
xtr check-manifest;
xtr coverage;


نحوه نصب


نصب پکیج whl bloby-1.2.1:

    pip install bloby-1.2.1.whl


نصب پکیج tar.gz bloby-1.2.1:

    pip install bloby-1.2.1.tar.gz