معرفی شرکت ها
blitzcurve-0.0.2
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Time-resolved fluorescence anisotropy analysis.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | blitzcurve-0.0.2 |
| نام | blitzcurve |
| نسخه کتابخانه | 0.0.2 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Mark Teese and Philipp Heckmeier |
| ایمیل نویسنده | mark.teese@checkmytumhomepage.de |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/teese/blitzcurve |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/blitzcurve/ |
| مجوز | MIT |
==========
blitzcurve
==========
Data analysis of time-resolved fluorescence anisotropy measurements (TRAMs).
TRAMs are state-of-the-art techniques that can be used to analyse protein function and interaction.
Why use TRAM techniques?
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
To measure molecule rotation speeds (e.g. protein size, structure, ligand binding).
To measure oligomerisation properties, via Foerster Resonance Energy Transfer (FRET) between two fluorescent molecules.
What is blitzcurve for?
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
* fitting curves to experimental TRAM data
* extracting useful fit parameters
* comparing samples
How does the experiment work?
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
* excitation of fluorescent molecules
* measurement of the depolorisation of the emitted light (polarisation / anisotropy)
* time-resolved methods: pulse excitation, and measurement of the change in anisotropy over time in nanoseconds
Analysis methods
~~~~~~~~~~~~~~~~
* appropriate fitting methods are still under development
* current input: csv with anisotropy and time (ns) values
* current fitting methods for anisotropy vs time
- Savitzky Golay fit to all raw data
- Exponential fit to initial decay data
- Exponential fit to final decay data
* key measured parameters:
- r_inf (predicted anisotropy at an infinite range in time)
- r_max (maximum anisotropy measured at any timepoint)
Installation
~~~~~~~~~~~~
::
pip install blitzcurve
* Blitzcurve should be compatable with `Anaconda python`__ 3.x or any scientific python package
.. _AnacondaLink: https://www.anaconda.com/download/
__ AnacondaLink_
Usage
~~~~~
.. code:: python
import blitzcurve
# define data directory with csv files
data_dir = r"D:\data\20180229_TRdata"
# OPTIONAL: define which data files will be analysed
file_list = ["10nM-FGC1-2min_aniso.txt", "10nM-FGC2-2min_aniso.txt"]
# run blitzcurve function to fit curves to individual samples
blitzcurve.run_fit(data_dir, figs_to_plot=file_list)
# setup a dictionary to shorten long sample names
name_dict = {"10nM-FGC1-2min_aniso.txt": "FGC1", "10nM-FGC2-2min_aniso.txt": "FGC2", "10nM-FGC3-2min_aniso.txt": "FGC3"}
# run blitzcurve function to compare curves and parameters for multiple samples
blitzcurve.run_compare(data_dir, name_dict=name_dict)
Contribute
~~~~~~~~~~
Collaborators and pull requests are welcome. Send us an email.
License
~~~~~~~
This python package is released under the permissive MIT license.
Contact
~~~~~~~
Contact details are available at the staff pages of `Mark Teese`__ or `Philipp Heckmeier`__ within the `Langosch lab`__
of the Technical University of Munich.
.. _MarkWebsite: http://cbp.wzw.tum.de/index.php?id=49&L=1
.. _PhilippWebsite: http://cbp.wzw.tum.de/index.php?id=55
.. _LangoschWebsite: http://cbp.wzw.tum.de/index.php?id=9
__ MarkWebsite_
__ PhilippWebsite_
__ LangoschWebsite_
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/teese/eccpy/master/docs/images/signac_seine_bei_samois.png
:height: 150px
:width: 250px
Examples
~~~~~~~~
**fit to obtain r_max**
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/teese/blitzcurve/master/blitzcurve/images/aniso_savgol_fit.png
:height: 500 px
:width: 500 px
**fit to obtain r_inf**
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/teese/blitzcurve/master/blitzcurve/images/aniso_seg2_fit.png
:height: 500 px
:width: 500 px
**barchart comparing r_max**
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/teese/blitzcurve/master/blitzcurve/images/01_barchart_r_max.png
:height: 200 px
:width: 200 px
**barchart comparing r_inf**
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/teese/blitzcurve/master/blitzcurve/images/02_barchart_r_inf.png
:height: 200 px
:width: 200 px
**linechart comparing fit to full data for three samples**
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/teese/blitzcurve/master/blitzcurve/images/06_linechart_savgol.png
:height: 500 px
:width: 500 px
**linechart comparing fit to r_inf for three samples**
.. image:: https://raw.githubusercontent.com/teese/blitzcurve/master/blitzcurve/images/08_linechart_seg2.png
:height: 500 px
:width: 500 px
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | pandas |
| - | numpy |
| - | scipy |
| - | matplotlib |
نحوه نصب
نصب پکیج whl blitzcurve-0.0.2:
pip install blitzcurve-0.0.2.whl
نصب پکیج tar.gz blitzcurve-0.0.2:
pip install blitzcurve-0.0.2.tar.gz