معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Miscelanelous python-based bioinformatics utils

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	blindschleiche-0.1.9
نام	blindschleiche
نسخه کتابخانه	0.1.9
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	"Dr. K. D. Murray" <info@gekkonid.com>
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/blindschleiche/
مجوز	-

# blindschleiche Misc sequence tools in python. These tools are small things which I have at some point needed to write because I couldn't find a solution I liked. This is in no way a comprehensive toolkit. It is a companion to [seqhax](https://github.com/kdm9/seqhax), execpt that seqhax is written in C/C++ and generally contains tools to handle very large datasets where performance is somewhat important. This is all in python for ease of development, and so typically these tools perform less data- or compute-intensive tasks. ## Install ``` pip install blindschleiche # or for the current main branch: # pip install git+https://github.com/kdm9/blindschleiche.git ``` ## Usage ``` USAGE: blsl <subtool> [options...] Where <subtool> is one of: genigvjs: Generate a simple IGV.js visualisation of some bioinf files. telogrep: Search contigs for known telomere repeats n50: Calculate N50 and total length of a set of contigs falen: Tabulate the lengths of sequences in a FASTA file mask2bed: The inverse of bedtools maskfasta: softmasked fasta -> unmasked fasta + mask.bed liftoff-gff3: Obtain an actually-useful GFF3 from Liftoff by fixing basic GFF3 format errors pansn-rename: Add, remove, or modify PanSN-style prefixes to contig/chromosome names in references ildemux: Demultiplex modern illumina reads from read headers. ilsample: Sample a fraction of read pairs from an interleaved fastq file regionbed: Make a bed/region file of genome windows uniref-acc2taxid: Make a ncbi-style acc2taxid.map file for a uniref fasta help: Print this help message Use blsl subtool --help to get help about a specific tool ``` ## Why Blindschleiche 1) [They're awesome animals](https://www.google.com/search?q=blindschleiche&tbm=isch) 2) Their English name is Slow Worm, which is appropriate for this set of low-performance tools in Python. 3) All tools implemented in python must be named with a snake pun, and they're kinda a snake (not really, they're legless lizards)

نیازمندی

مقدار	نام
-	biopython

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.8	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl blindschleiche-0.1.9:

pip install blindschleiche-0.1.9.whl

نصب پکیج tar.gz blindschleiche-0.1.9:

pip install blindschleiche-0.1.9.tar.gz