معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Rapid discovery of reciprocal best blast pairs from BLAST output files.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	blastbesties-1.1.1
نام	blastbesties
نسخه کتابخانه	1.1.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Adam Taranto
ایمیل نویسنده	adam.taranto@anu.edu.au
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/Adamtaranto/blast-besties
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/blastbesties/
مجوز	MIT

# Blast-Besties Rapid discovery of reciprocal best blast pairs from BLAST output files. # Table of contents * [Example usage](#example-usage) * [Input requirements](#input-requirements) * [Standard options](#standard-options) * [License](#license) # Example usage Run BLASTp for each protein set AvsB and BvsA. Require vaild alignments to cover 95% of the query sequence and with an e-value of < 0.001. ```bash blastp -qcov_hsp_perc 95 -query A_prot.fa -subject B_prot.fa -out AvB.tab -evalue 0.001 -outfmt 6 -use_sw_tback blastp -qcov_hsp_perc 95 -query B_prot.fa -subject A_prot.fa -out BVA.tab -evalue 0.001 -outfmt 6 -use_sw_tback ``` Report reciprocal best match pairs where each hit meets criteria e-value <= 0.001, hit-length >= 100, bitscore >= 100. ```bash ./blastBesties.py -e 0.001 -l 100 -s 100 -a *blastAvB.tab* -b *blastBvA.tab ``` ## Input requirements - Takes two BLAST output files as input. SetA vs SetB, and SetB vs SetA. - BLAST output format 6 (tabular) - Hits must be sorted by query name then descending match quality - this is default BLAST behaviour. # Standard options ``` Usage: BLAST-Besties [-h] [-v] -a BLASTAVB -b BLASTBVA [-l MINLEN] [-e EVAL] [-s BITSCORE] [-o OUTFILE] [-d OUTDIR] Options: # Info -h, --help Show this help message and exit. -v, --version Show program's version number and exit. # Input -a, --blastAvB Blast tab result file for fastaA query against fastaB subject. -b, --blastBvA Blast tab result file for fastaB query against fastaA subject. # Settings -l, --minLen Minimum length of hit to consider valid. -e, --eVal Maximum e-value to consider valid pair. -s, --bitScore Minimum bitscore to consider valid pair. # Output -o, --outFile Write reciprocal blast pairs to this file. -d, --outDir Directory for new sequence files to be written to. ``` # License Software provided under MIT license.

نحوه نصب

نصب پکیج whl blastbesties-1.1.1:

pip install blastbesties-1.1.1.whl

نصب پکیج tar.gz blastbesties-1.1.1:

pip install blastbesties-1.1.1.tar.gz