معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Wrapped BioWardrobe's CWL files

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	biowardrobe-cwl-workflows-1.0.20181213214400
نام	biowardrobe-cwl-workflows
نسخه کتابخانه	1.0.20181213214400
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Datirium, LLC
ایمیل نویسنده	support@datirium.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/datirium/workflows
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/biowardrobe-cwl-workflows/
مجوز	-

[![Build Status](https://travis-ci.org/datirium/workflows.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/datirium/workflows) # Workflows CWL workflows for [BioWardrobe](https://biowardrobe.com/) project. This package includes all the original BioWardrobe's pipelines, simplifies import for biowardrobe-airflow-analysis. It also includes extra pipelines for new project SciDAP. ## Install ```sh pip3 install biowardrobe-cwl-workflows ``` or from sources ```sh git clone https://github.com/datirium/workflows pip3 install . ``` ## Usage ```python from biowardrobe_cwl_workflows import available _path_to_workflow=available(workflow='chipseq-se.cwl') ``` ## Extra features in CWL ### Metadata & Upstreams ```yaml 'sd:metadata': - "../metadata/chipseq-header.cwl" 'sd:upstream': genome_indices: "genome-indices.cwl" control_file: "chipseq-se.cwl" ``` To enable users to extend user interface (dynamic form) with extra input fields not required by a workflow ```'sd:metadata'``` field were introduced. It defines a list of workflows where inputs field just used for constructing and storing the input object. To simplify selection of already analyzed common data ```’sd:upstream’``` were introduced. It defines the upstream workflows of the process. The process is ready to run when upstream output data is available. ##### Example of extra input fields for user interface: ```yaml cwlVersion: v1.0 class: Workflow inputs: cells: type: string label: "Cells" sd:preview: position: 1 conditions: type: string label: "Conditions" sd:preview: position: 3 alias: type: string label: "Experiment short name/Alias" sd:preview: position: 2 catalog: type: string? label: "Catalog #" description: type: string? 'sd:type': 'text' label: "Description" outputs: [] steps: [] ``` ### CWL VisualPlugins for output data ```yaml outputs: ... fastx_statistics: type: File label: "FASTQ statistics" format: "http://edamontology.org/format_2330" doc: "fastx_quality_stats generated FASTQ file quality statistics file" outputSource: fastx_quality_stats/statistics_file 'sd:visualPlugins': - line: Title: 'Base frequency plot' xAxisTitle: 'Nucleotide position' yAxisTitle: 'Frequency' colors: ["#b3de69", "#99c0db", "#fb8072", "#fdc381", "#888888"] data: [$12, $13, $14, $15, $16] ... ```

نحوه نصب

نصب پکیج whl biowardrobe-cwl-workflows-1.0.20181213214400:

pip install biowardrobe-cwl-workflows-1.0.20181213214400.whl

نصب پکیج tar.gz biowardrobe-cwl-workflows-1.0.20181213214400:

pip install biowardrobe-cwl-workflows-1.0.20181213214400.tar.gz