معرفی شرکت ها

biotools-cli-0.1.8

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.8
0.1.8

توضیحات

Command line interface for Bioinformatics.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل biotools-cli-0.1.8
نام biotools-cli
نسخه کتابخانه 0.1.8
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Liang Xiaojian
ایمیل نویسنده wakeam@outlook.com
آدرس صفحه اصلی https://gitee.com/siogian/biotools-cli.git
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/biotools-cli/
مجوز -
# biotools-cli [![Build status](https://ci.appveyor.com/api/projects/status/ehobd8ptbiqjovyu?svg=true)](https://ci.appveyor.com/project/Siogian/biotools-cli) ## 介绍 一个可扩展的，为生物信息学分析提供支持的命令行工具集合（当前仅支持 uniprotkb 网络药理学蛋白质转换基因名）。 ### 软件架构 软件架构说明 #### 安装教程 请确保你的计算机已经正确安装了 [python](https://www.python.org/) ```pip install biotools-cli``` 安装 python-Levenshtein 可以加速查找过程（可选） ```pip install python-Levenshtein``` #### 使用说明 1. 根据你的需求下载 [uniprotkb](https://beta.uniprot.org/uniprotkb) 数据库文件，一般我们选择 Swiss-Prot 和 Human，格式请选择 xml，如果你下载的是压缩文件，请将它解压。假设最终得到的文件为 uniprot_sprot_human.xml，并把它放置在 example 目录下。 2. 从 uniprot_sprot_human.xml 中提取蛋白质名称以及对应的基因名称并保存到 tsv 格式的文本文件中。 ```biotools uniprotkb extract .\example\uniprot_sprot_human.xml .\example\uniprot_sprot_human.xml.tsv``` 如果 xml 文件不变化，extract 命令则仅需要执行一次。 3. 准备蛋白质列表，protein.list，参考 .\example\protein.list 4. 查找对应的基因名称并保存结果到 .\example\gene.list ```biotools uniprotkb lookup .\example\uniprot_sprot_human.xml.tsv .\example\protein.list .\example\gene.list``` #### 参与贡献 1. Fork 本仓库 2. 新建 Feat_xxx 分支 3. 提交代码 4. 新建 Pull Request #### 特技 1. 使用 Readme\_XXX.md 来支持不同的语言，例如 Readme\_en.md, Readme\_zh.md 2. Gitee 官方博客 [blog.gitee.com](https://blog.gitee.com) 3. 你可以 [https://gitee.com/explore](https://gitee.com/explore) 这个地址来了解 Gitee 上的优秀开源项目 4. [GVP](https://gitee.com/gvp) 全称是 Gitee 最有价值开源项目，是综合评定出的优秀开源项目 5. Gitee 官方提供的使用手册 [https://gitee.com/help](https://gitee.com/help) 6. Gitee 封面人物是一档用来展示 Gitee 会员风采的栏目 [https://gitee.com/gitee-stars/](https://gitee.com/gitee-stars/)


نیازمندی

مقدار نام
- Click
- pandas
- InquirerPy
- biopython
- tqdm
- thefuzz


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.8 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl biotools-cli-0.1.8:

    pip install biotools-cli-0.1.8.whl


نصب پکیج tar.gz biotools-cli-0.1.8:

    pip install biotools-cli-0.1.8.tar.gz