معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A set of helper functions for working with biological metadata from the SRA.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	biometalib-0.0.4
نام	biometalib
نسخه کتابخانه	0.0.4
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Justin Fear
ایمیل نویسنده	justin.m.fear@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/jfear/biometalib
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/biometalib/
مجوز	MIT license

# Biometalib Biometalib is a set of useful libraries and tools for working with SRA biological metadata. ## Installation This library is designed for python 3+ and can be installed with `pip` or `conda`. ### Pip Biometalib can be installed using pip. ```bash pip install -y biometalib ``` Or the latest version can be installed by pip. ```bash pip install git+https://github.com/jfear/sramongo pip install git+https://github.com/jfear/biometalib ``` ### Conda [Suggested] First make sure you have a working installation of Anaconda, I suggest [Miniconda](https://conda.io/miniconda.html). ```bash conda install -c jfear biometalib ``` ## Attribute Selector Attribute selector is a helper script for selecting which attributes you want to focus on for a project. The biological metadata submitted by users contain a variety of different types of attributes. Sometimes these include things like misspellings or different forms of a word, it also includes attributes that are unique to a single project. This tool is to be used to quickly curate these columns. Attribute selector uses a `YAML` formatted file to store attribute decisions. In the YAML file, **selected attributes** will be the keys. When merging multiple attributes into a single **selected attribute** they will be stored as values. For example: ``` sex: - sex - Sex - gender ``` Here the **selected attribute** `sex` has the attributes `Sex` and `gender` associated with it. There is also a special **selected attribute** `ignore` that will store a list of attributes that you want to ignore. Using the BioSample selection sheet I have created a starting YAML that can be used when running `attribute_selector`. To run the attributes selector on my public version of the Biometa database type: ```bash # Download example YAML $ wget -O my_attribute_selection.yaml https://raw.githubusercontent.com/jfear/biometalib/master/data/flybase_example.yaml $ attribute_selector --host mongo.geneticsunderground.com --port 27022 --db sra --username sra --password oliver --authenticationDatabase user-data --config my_attribute_selection.yaml ``` `attribute_selector` is an interactive command line tool. Iterates overall attribute column names that are not already **selected attributes** in the YAML. The current attribute is displayed in red. At the prompt you can type: * `k` to set the current attribute as a **selected attribute** [keep] * `r` to rename the current attribute, this will set the current attribute as value of the renamed **selected attribute** [rename] * `i` adds current attribute to ignore list [ignore] * `e` show example values listed under the current attribute [example] * `s` show attributes with similar names (fuzzy string match). Here **selected attributes** will appear in yellow [similar] * `n` skip and go to the next attribute [next] * `quit` exit out of the program, but save progress.

نیازمندی

مقدار	نام
>=0.15.0	fuzzywuzzy
>=0.11.0	mongoengine
<=1.13.0	numpy
>=3.3.0	pymongo
>=3.0.5	pytest
>=2.11	pytest-runner
>=3.12	pyyaml
<0.15.0	ruamel.yaml
>=0.0.2	sramongo

نحوه نصب

نصب پکیج whl biometalib-0.0.4:

pip install biometalib-0.0.4.whl

نصب پکیج tar.gz biometalib-0.0.4:

pip install biometalib-0.0.4.tar.gz