معرفی شرکت ها

biodbs-0.0.1

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.1
0.0.1

توضیحات

bioDBs is a Python package for getting data from biological databases.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل biodbs-0.0.1
نام biodbs
نسخه کتابخانه 0.0.1
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده qwerty239qwe
ایمیل نویسنده qwerty239qwe@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/qwerty239qwe/biodbs
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/biodbs/
مجوز MIT
# bioDBs bioDBs is a Python package for getting data from biological databases. ## List of the databases * BioMart * KEGG * QuickGO * HPA ## How to use ### BioMart ```python from biodbs import BioMart ds = BioMart.Dataset(dataset_name="hsapiens_gene_ensembl") ds.get_data(attribs=["ensembl_gene_id", "ensembl_transcript_id", "entrezgene_id", "hgnc_symbol", "uniprotswissprot"], ensembl_gene_id=["ENSG00000139618", "ENSG00000272104"]) ``` ### KEGG ```python from biodbs import KEGG # list available databases KEGG.list_database() kegg = KEGG.KEGGdb() # get entry links kegg.list_entry_link(target_db="pathway", source_db="hsa") ``` ### QuickGO ```python from biodbs import QuickGO qgo = QuickGO.QuickGOdb() # search by text and list the results qgo.list_search_result("mito") # save a GO-term tree chart qgo.save_chart(["GO:1903695", "GO:1904922", "GO:0000423", "GO:0042645"], "test.png") ``` ### Human Protein Atlas (HPA) ```python from biodbs import HPA hpa = HPA.HPAdb() # list downloadable tsv files print(HPA.DOWNLOADABLE_DATA) # download tsv file from HPA hpa.download_HPA_data("normal_tissue", saved_path="./") ```


نیازمندی

مقدار نام
- pandas
- tqdm
- aiohttp
- requests


نحوه نصب


نصب پکیج whl biodbs-0.0.1:

    pip install biodbs-0.0.1.whl


نصب پکیج tar.gz biodbs-0.0.1:

    pip install biodbs-0.0.1.tar.gz