معرفی شرکت ها
biodblinker-0.0.4
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A library for linking entities of biological knowledge bases.
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | biodblinker-0.0.4 |
| نام | biodblinker |
| نسخه کتابخانه | 0.0.4 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | INSIGHT Centre for Data Analytics |
| ایمیل نویسنده | sameh.kamal@insight-centre.org |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/dsi-bdi/biodblinker |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/biodblinker/ |
| مجوز | - |
# biodblinker
A library for linking entities of biological knowledge bases.
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
# Installing
`pip install biodblinker`
# Installing from source
`python setup.py`
# Usage
```python
from biodblinker import UniprotLinker
uniprot_linker = UniprotLinker()
# Get list of all included uniprot accessions
uniprot_accessions = uniprot_linker.uniprot_ids
select_accessions = ['P31946', 'P62258', 'Q04917']
# Get the list of names for each accession in select_accessions
select_names = uniprot_linker.convert_uniprot_to_names(select_accessions)
# Get the list of kegg gene ids for each accession in select_accessions
select_genes = uniprot_linker.convert_uniprot_to_kegg(select_accessions)
```
# Use Case - Linking uniprot proteins and mesh diseases via KEGG
```python
import requests
from biodblinker import KEGGLinker
linker = KEGGLinker()
unique_pairs = set()
url = 'http://rest.kegg.jp/link/hsa/disease'
resp = requests.get(url)
if resp.ok:
for line in resp.iter_lines(decode_unicode=True):
kegg_disease, kegg_gene = line.strip().split('\t')
# strip the prefix from the disease
kegg_disease = kegg_disease.split(':')[1]
# prefix is retained for genes as the ids are numeric
uniprot_protein = linker.convert_geneid_to_uniprot([kegg_gene])
mesh_disease = linker.convert_disease_to_mesh([kegg_disease])
if len(uniprot_protein[0]) == 0:
continue
if len(mesh_disease[0]) == 0:
continue
for protein in uniprot_protein[0]:
for disease in mesh_disease[0]:
unique_pairs.add((protein, disease))
for protein, disease in unique_pairs:
print(f'{protein}\tRELATED_DISEASE\t{disease}')
```
# Downloading mappings
When a biodblinker is initialized it verifies that all necessary mapping files are present and if not downloads the precompiled mappings
# Building the mapping files
It is also possible to generate the mappings from their sources
* Note this process will take several hours and requires a large ammount of disk space due to the size of the source files. The source files are removed once the mappings are generated
```python
import biodblinker
gen = biodblinker.MappingGenerator()
gen.generate_mappings(<drugbank_username>, <drugbank_password>)
```
# Mapping sources and licenses
BioDBLinker uses multiple sources to generate the mappings. BioDBLinker must be used in compliance with these licenses and citation policies where applicable
| Source Database | License Type | URL |
|----------------------------------------------------|--------------|----------------------------------------------------|
| [UniProt](https://www.uniprot.org) | CC BY 4.0 | https://www.uniprot.org/help/license |
| [Drugbank](https://www.drugbank.ca/) | CC BY NC 4.0 | https://www.drugbank.ca/legal/terms_of_use |
| [KEGG](https://www.genome.jp/kegg/) | Custom | https://www.kegg.jp/kegg/legal.html |
| [Sider](http://sideeffects.embl.de/) | CC BY-NC-SA | http://sideeffects.embl.de/about/ |
| [Stitch](http://stitch.embl.de/) | CC BY 4.0 | http://stitch.embl.de/cgi/download.pl |
| [HPA](https://www.proteinatlas.org/) | CC BY SA 3.0 | https://www.proteinatlas.org/about/licence |
| [Cellosaurus](https://web.expasy.org/cellosaurus/) | CC BY 4.0 | https://web.expasy.org/cgi-bin/cellosaurus/faq#Q22 |
# Funding
The development of this module has been fully supported by the CLARIFY project that has received funding from the European Union's Horizon 2020 research and innovation programme under grant agreement No 875160.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| - | tqdm |
| - | requests |
| - | packaging |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl biodblinker-0.0.4:
pip install biodblinker-0.0.4.whl
نصب پکیج tar.gz biodblinker-0.0.4:
pip install biodblinker-0.0.4.tar.gz