معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Convert between NCBI pubmed/PMC and BIOC formats

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bioconverters-1.0.1
نام	bioconverters
نسخه کتابخانه	1.0.1
نگهدارنده	['Jake Lever']
ایمیل نگهدارنده	['jlever@stanford.edu']
نویسنده	Jake Lever
ایمیل نویسنده	jlever@stanford.edu
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bioconverters/
مجوز	-

# BioConverters Package ![PyPi](https://img.shields.io/pypi/v/bioconverters.svg) ![build](https://github.com/jakelever/bioconverters/workflows/build/badge.svg?branch=master) [![codecov](https://codecov.io/gh/jakelever/bioconverters/branch/master/graph/badge.svg)](https://codecov.io/gh/jakelever/bioconverters) The bioconverters packages contains functions for converting PubMed and PMC style XML into BioC format. ## Getting Started Install with pip ```bash pip install bioconverters ``` Now you are ready to start converting files. Assuming you already have a file containing PMC formatted XML ```python from bioconverters import pmcxml2bioc for doc in pmcxml2bioc('/path/to/pmc/xml/file.xml'): # do stuff with bioc doc ``` ## Customizing Handlers You can overload the parse functions that deal with specific tags but providing the handlers argument. In the example below we are writing a parser for an element which we are omitting from the final text content. ```python from bioconverters.util import TextChunk from bioconverters import pmcxml2bioc def ignore_element(xml_element, custom_handlers): tail = (elem.tail or "").strip() return [TextChunk(tail, elem)] for doc in pmcxml2bioc('/path/to/pmc/xml/file.xml', tag_handlers={'table': ignore_element}): # do stuff with bioc doc ``` ## Trim Sentences You can also choose to truncate sentences to a maximum length. This is off by default. To turn this option off use the flag ```python for doc in pmcxml2bioc('/path/to/pmc/xml/file.xml', trim_sentences=True): # do stuff with bioc doc ``` ## Add XML structure Information To keep track of approximately where in the XML heirarchy a passage was derived from use the `all_xml_path_infon` option. Note that this will be default added for any table and figure elements regardless of the flag ```python for doc in pmcxml2bioc('/path/to/pmc/xml/file.xml', all_xml_path_infon=True): # do stuff with bioc doc ``` This will add an infon to each passage (where possible) which resembles the following ```xml <infon key="xml_path">body/sec/p</infon> ```

نیازمندی

مقدار	نام
<2,>=1.3	bioc
-	typing-extensions
-	black
-	flake8
-	isort
-	mypy
-	biopython
-	snakemake
-	ftputil
-	requests
-	pytest
-	pytest-cov
-	hypothesis
-	biopython
-	snakemake
-	ftputil
-	requests
-	pytest
-	pytest-cov
-	hypothesis

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl bioconverters-1.0.1:

pip install bioconverters-1.0.1.whl

نصب پکیج tar.gz bioconverters-1.0.1:

pip install bioconverters-1.0.1.tar.gz