معرفی شرکت ها
bioc-2.0.post4
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
bioc - Processing BioC, Brat, and PubTator with Python
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | OS Independent |
| نام فایل | bioc-2.0.post4 |
| نام | bioc |
| نسخه کتابخانه | 2.0.post4 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Yifan Peng |
| ایمیل نویسنده | yip4002@med.cornell.edu |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/bionlplab/bioc' |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/bioc/ |
| مجوز | MIT License |
# bioc - Processing BioC, Brat, and PubTator with Python
[](https://github.com/bionlplab/bioc/)
[](https://pypi.python.org/pypi/bioc)
[](https://pypi.python.org/pypi/bioc)
[](https://opensource.org/licenses/MIT)
[](https://codecov.io/gh/bionlplab/bioc)
[BioC XML / JSON format](http://bioc.sourceforge.net/) can be used to
share text documents and annotations.
[Brat standoff format](https://brat.nlplab.org/standoff.html) is created by the brat annotation tool to store
annotations on disk in a standoff format. annotations are stored separately from the annotated document text, which is
never modified by the tool.
[PubTator format](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/pubtator/) is created by the PutTator Central system.
`bioc` exposes an API familiar to users of the standard library
`marshal` and `pickle` modules.
Development of `bioc` happens on GitHub:
<https://github.com/bionlplab/bioc>
## Getting started
Installing `bioc`
```shell
$ pip install bioc
```
### BioC
Encoding the BioC collection object `collection`:
```python
from bioc import biocxml
# Serialize ``collection`` as a BioC formatted stream to ``fp``.
with open(filename, 'w') as fp
biocxml.dump(collection, fp)
```
Decoding the BioC XML file:
```python
from bioc import biocxml
# Deserialize ``fp`` to a BioC collection object.
with open(filename, 'r') as fp:
collection = biocxml.load(fp)
```
### Brat
Encoding the Brat document
```python
from bioc import brat
# Serialize ``doc`` as a brat formatted stream to ``text_fp`` and ``ann_fp``.
with open(annpath, 'w') as ann_fp, open(txtpath, 'w') as text_fp:
brat.dump(doc, text_fp, ann_fp)
```
Decoding the Brat document:
```python
from bioc import brat
# Deserialize two streams (text and ann) to a Brat document object.
with open(annpath) as ann_fp, open(txtpath) as text_fp:
doc = brat.load(text_fp, ann_fp)
```
### PubTator
Encoding the PubTator document object `doc`:
```python
from bioc import pubtator
# Serialize ``collection`` as a BioC formatted stream to ``fp``.
with open(filename, 'w') as fp:
pubtator.dump([doc], fp)
```
Decoding the PubTator file
```python
from bioc import pubtator
# Deserialize ``fp`` to a PubTator object.
with open(filename, 'r') as fp:
docs = pubtator.load(fp)
```
## Documentation
You will find complete documentation at our [Read the Docs
site](https://bioc.readthedocs.io/en/latest/index.html).
## Contributing
You can find information about contributing to bioc at our [Contribution
page](https://bioc.readthedocs.io/en/latest/contribute.html).
## Reference
If you use bioc in your research, please cite the following paper:
- Comeau DC, Doğan RI, Ciccarese P, Cohen KB, Krallinger M, Leitner F, Lu Z, Peng Y, Rinaldi F, Torii M,
Valencia V, Verspoor K, Wiegers TC, Wu CH, Wilbur WJ. BioC: a minimalist approach to interoperability
for biomedical text processing. Database (Oxford). 2013;2013:bat064. doi: 10.1093/database/bat064.
Print 2013. PMID: 24048470; PMCID: PMC3889917
## Acknowledgment
This work is supported by the National Library of Medicine under Award No.
4R00LM013001.
## License
Copyright BioNLP Lab at Weill Cornell Medicine, 2022.
Distributed under the terms of the [MIT](https://github.com/bionlplab/bioc/blob/master/LICENSE) license,
bioc is free and open source software.
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=4.6.3 | lxml |
| >=1.2.0 | jsonlines |
| - | tqdm |
| - | intervaltree |
| >=0.15.2 | docutils |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.6 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl bioc-2.0.post4:
pip install bioc-2.0.post4.whl
نصب پکیج tar.gz bioc-2.0.post4:
pip install bioc-2.0.post4.tar.gz