معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

BioBB_structure_checking performs MDWeb structure checking tool set as a command line utility.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	biobb-structure-checking-3.9.9
نام	biobb-structure-checking
نسخه کتابخانه	3.9.9
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Biobb developers
ایمیل نویسنده	josep.gelpi@bsc.es
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/bioexcel/biobb_structure_checking
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/biobb-structure-checking/
مجوز	-

# biobb_structure_checking ### Introduction Biobb_structure_checking provides a series of functions to check the quality of a 3D structure intended to facilitate the setup of a molecular dynamics simulation of protein or nucleic acids systems. Biobb_structure_checking package allows to configure the system (selection of model/chains,alternative location, addition of disulfide bonds and hydrogen atoms, side chain mutations), to detect and fix structure errors (missing side chain atoms, backbone breaks, amide assignments, incorrect chirality). It works with structures obtained from the Protein Data Bank or user provided. The Biobb_structure_checking package provides a command line utility ([check_structure](https://biobb-structure-checking.readthedocs.io/en/latest/command_line_usage.html)) and a python [API](https://biobb-structure-checking.readthedocs.io/en/latest/biobb_structure_checking.html). The latest documentation of this package can be found in our readthedocs site: [latest package documentation](http://biobb_structure_checking.readthedocs.io/en/latest/). ### Version v3.12.1 December 2022 ### Requirements * Biopython ### Optional requirements * psutil (required for --debug, included in conda pkg.) * Modeller (required for some functionalities, not included in conda pkg.) * jupyter & nglview (required for demonstration notebooks, not included in conda pkg.) ### Installation Using PIP: > **Important:** PIP only installs the package. All the dependencies must be installed separately. To perform a complete installation, please use ANACONDA. * Installation: pip install "biobb_structure_checking>=3.12.1" * Usage: [Python API documentation](https://biobb_structure_checking.readthedocs.io/en/latest/modules.html). Using ANACONDA: * Installation: conda install -c bioconda "biobb_structure_checking>=3.12.1" * Usage: With conda installation BioBBs can be used with the [Python API documentation](https://biobb_structure_checking.readthedocs.io/en/latest/modules.html) and the [Command Line documentation](https://biobb_structure_checking.readthedocs.io/en/latest/command_line.html) ### Copyright & Licensing This software has been developed in the MMB group (http://mmb.irbbarcelona.org) at the BSC (https://www.bsc.es/) & IRB (https://www.irbbarcelona.org/) for the European BioExcel (https://bioexcel.eu/), funded by the European Commission (EU H2020 [675728](https://cordis.europa.eu/projects/675728)). * (c) 2015-2022 [Barcelona Supercomputing Center](https://www.bsc.es/) * (c) 2015-2022 [Institute for Research in Biomedicine](https://www.irbbarcelona.org/) Licensed under the [GNU Lesser General Public License v2.1](https://www.gnu.org/licenses/old-licenses/lgpl-2.1.html). ![](https://bioexcel.eu/wp-content/uploads/2015/12/Bioexcell_logo_1080px_transp.png "Bioexcel")

نیازمندی

مقدار	نام
-	psutil
-	numpy
==1.79	biopython

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl biobb-structure-checking-3.9.9:

pip install biobb-structure-checking-3.9.9.whl

نصب پکیج tar.gz biobb-structure-checking-3.9.9:

pip install biobb-structure-checking-3.9.9.tar.gz