معرفی شرکت ها


bio2bel-wikipathways-0.2.3


Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A package for converting Wikipathways to BEL
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل bio2bel-wikipathways-0.2.3
نام bio2bel-wikipathways
نسخه کتابخانه 0.2.3
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Daniel Domingo-Fernández and Charles Tapley Hoyt
ایمیل نویسنده daniel.domingo.fernandez@scai.fraunhofer.de
آدرس صفحه اصلی https://github.com/bio2bel/wikipathways
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/bio2bel-wikipathways/
مجوز MIT License
Bio2BEL WikiPathways |build| |coverage| |documentation| |zenodo| ================================================================ This package allows the enrichment of BEL networks with WikiPathways information by wrapping its RESTful API. Furthermore, it is integrated in the `ComPath environment <https://github.com/ComPath>`_ for pathway database comparison. Installation |pypi_version| |python_versions| |pypi_license| ------------------------------------------------------------ ``bio2bel_wikipathways`` can be installed easily from `PyPI <https://pypi.python.org/pypi/bio2bel_wikipathways>`_ with the following code in your favorite terminal: .. code-block:: sh $ python3 -m pip install bio2bel_wikipathways or from the latest code on `GitHub <https://github.com/bio2bel/wikipathways>`_ with: .. code-block:: sh $ python3 -m pip install git+https://github.com/bio2bel/wikipathways.git@master Setup ----- WikiPathways can be downloaded and populated from either the Python REPL or the automatically installed command line utility. The following resources will be automatically installed and loaded in order to fully populate the tables of the database: - `Bio2BEL HGNC <https://github.com/bio2bel/hgnc>`_ Python REPL ~~~~~~~~~~~ .. code-block:: python >>> import bio2bel_wikipathways >>> wikipathways_manager = bio2bel_wikipathways.Manager() >>> wikipathways_manager.populate() Command Line Utility ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ .. code-block:: bash bio2bel_wikipathways populate Other Command Line Utilities ---------------------------- - Run an admin site for simple querying and exploration :code:`python3 -m bio2bel_wikipathways web` (http://localhost:5000/admin/) - Export gene sets for programmatic use :code:`python3 -m bio2bel_wikipathways export` Citation -------- - Slenter, D.N., et al WikiPathways: a multifaceted pathway database bridging metabolomics to other omics research Nucleic Acids Research, (2017) doi.org/10.1093/nar/gkx1064 - Kutmon, M., et al. WikiPathways: capturing the full diversity of pathway knowledge Nucl. Acids Res., 44, D488-D494 (2016) doi:10.1093/nar/gkv1024 - Kelder, T., et al. WikiPathways: building research communities on biological pathways. Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40(Database issue):D1301-7 .. |build| image:: https://travis-ci.org/bio2bel/wikipathways.svg?branch=master :target: https://travis-ci.org/bio2bel/wikipathways :alt: Build Status .. |coverage| image:: https://codecov.io/gh/bio2bel/wikipathways/coverage.svg?branch=master :target: https://codecov.io/gh/bio2bel/wikipathways?branch=master :alt: Coverage Status .. |documentation| image:: http://readthedocs.org/projects/bio2bel-interpro/badge/?version=latest :target: http://bio2bel.readthedocs.io/projects/wikipathways/en/latest/?badge=latest :alt: Documentation Status .. |climate| image:: https://codeclimate.com/github/bio2bel/wikipathways/badges/gpa.svg :target: https://codeclimate.com/github/bio2bel/wikipathways :alt: Code Climate .. |python_versions| image:: https://img.shields.io/pypi/pyversions/bio2bel_wikipathways.svg :alt: Stable Supported Python Versions .. |pypi_version| image:: https://img.shields.io/pypi/v/bio2bel_wikipathways.svg :alt: Current version on PyPI .. |pypi_license| image:: https://img.shields.io/pypi/l/bio2bel_wikipathways.svg :alt: MIT License .. |zenodo| image:: https://zenodo.org/badge/118924155.svg :target: https://zenodo.org/badge/latestdoi/118924155


نحوه نصب


نصب پکیج whl bio2bel-wikipathways-0.2.3:

    pip install bio2bel-wikipathways-0.2.3.whl


نصب پکیج tar.gz bio2bel-wikipathways-0.2.3:

    pip install bio2bel-wikipathways-0.2.3.tar.gz