معرفی شرکت ها

bio2bel-reactome-0.2.3

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A wrapper around Reactome RESTful API
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل bio2bel-reactome-0.2.3
نام bio2bel-reactome
نسخه کتابخانه 0.2.3
نگهدارنده ['Daniel Domingo-Fernández and Charles Tapley Hoyt']
ایمیل نگهدارنده ['daniel.domingo.fernandez@scai.fraunhofer.de']
نویسنده Daniel Domingo-Fernández and Charles Tapley Hoyt
ایمیل نویسنده daniel.domingo.fernandez@scai.fraunhofer.de
آدرس صفحه اصلی https://github.com/bio2bel/reactome
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/bio2bel-reactome/
مجوز MIT License
Bio2BEL Reactome |build| |coverage| |documentation| |zenodo| ============================================================ This package allows the enrichment of BEL networks with Reactome information by wrapping its RESTful API. Furthermore, it is integrated in the `ComPath environment <https://github.com/ComPath>`_ for pathway database comparison. Installation ------------ This code can be installed with :code:`pip3 install git+https://github.com/bio2bel/reactome.git` These two resources will be installed together with this package and can be quickly loaded by running the following commands in your terminal: - :code:`python3 -m bio2bel_hgnc populate` - :code:`python3 -m bio2bel_chebi populate` Installation |pypi_version| |python_versions| |pypi_license| ------------------------------------------------------------ ``bio2bel_reactome`` can be installed easily from `PyPI <https://pypi.python.org/pypi/bio2bel_reactome>`_ with the following code in your favorite terminal: .. code-block:: sh $ python3 -m pip install bio2bel_reactome or from the latest code on `GitHub <https://github.com/bio2bel/reactome>`_ with: .. code-block:: sh $ python3 -m pip install git+https://github.com/bio2bel/reactome.git@master Setup ----- Reactome can be downloaded and populated from either the Python REPL or the automatically installed command line utility. The following resources will be automatically installed and loaded in order to fully populate the tables of the database: - `Bio2BEL CHEBI <https://github.com/bio2bel/chebi>`_ - `Bio2BEL HGNC <https://github.com/bio2bel/hgnc>`_ Python REPL ~~~~~~~~~~~ .. code-block:: python >>> import bio2bel_reactome >>> reactome_manager = bio2bel_reactome.Manager() >>> reactome_manager.populate() Command Line Utility ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ .. code-block:: bash bio2bel_reactome populate Other Command Line Utilities ---------------------------- - Run an admin site for simple querying and exploration :code:`python3 -m bio2bel_reactome web` (http://localhost:5000/admin/) - Export gene sets for programmatic use :code:`python3 -m bio2bel_reactome export` Citation -------- - Fabregat, Antonio et al. “The Reactome Pathway Knowledgebase.” Nucleic Acids Research 44.Database issue (2016): D481–D487. PMC. Web. 6 Oct. 2017. - Croft, David et al. “The Reactome Pathway Knowledgebase.” Nucleic Acids Research 42.Database issue (2014): D472–D477. PMC. Web. 6 Oct. 2017. .. |build| image:: https://travis-ci.org/bio2bel/reactome.svg?branch=master :target: https://travis-ci.org/bio2bel/reactome :alt: Build Status .. |coverage| image:: https://codecov.io/gh/bio2bel/reactome/coverage.svg?branch=master :target: https://codecov.io/gh/bio2bel/reactome?branch=master :alt: Coverage Status .. |documentation| image:: http://readthedocs.org/projects/bio2bel-interpro/badge/?version=latest :target: http://bio2bel.readthedocs.io/projects/reactome/en/latest/?badge=latest :alt: Documentation Status .. |climate| image:: https://codeclimate.com/github/bio2bel/reactome/badges/gpa.svg :target: https://codeclimate.com/github/bio2bel/reactome :alt: Code Climate .. |python_versions| image:: https://img.shields.io/pypi/pyversions/bio2bel_reactome.svg :alt: Stable Supported Python Versions .. |pypi_version| image:: https://img.shields.io/pypi/v/bio2bel_reactome.svg :alt: Current version on PyPI .. |pypi_license| image:: https://img.shields.io/pypi/l/bio2bel_reactome.svg :alt: MIT License .. |zenodo| image:: https://zenodo.org/badge/103138323.svg :target: https://zenodo.org/badge/latestdoi/103138323


نحوه نصب


نصب پکیج whl bio2bel-reactome-0.2.3:

    pip install bio2bel-reactome-0.2.3.whl


نصب پکیج tar.gz bio2bel-reactome-0.2.3:

    pip install bio2bel-reactome-0.2.3.tar.gz