معرفی شرکت ها
bio2bel-kegg-0.3.0
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
A package for converting KEGG gene sets into BEL
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | bio2bel-kegg-0.3.0 |
| نام | bio2bel-kegg |
| نسخه کتابخانه | 0.3.0 |
| نگهدارنده | ['Charles Tapley Hoyt'] |
| ایمیل نگهدارنده | ['cthoyt@gmail.com'] |
| نویسنده | Daniel Domingo-Fernández and Charles Tapley Hoyt |
| ایمیل نویسنده | daniel.domingo.fernandez@scai.fraunhofer.de |
| آدرس صفحه اصلی | https://github.com/bio2bel/kegg |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/bio2bel-kegg/ |
| مجوز | MIT |
Bio2BEL KEGG |build| |coverage| |documentation| |zenodo|
========================================================
This package allows the enrichment of BEL networks with KEGG information by wrapping its RESTful API.
Furthermore, it is integrated in the `ComPath environment <https://github.com/ComPath>`_ for pathway database comparison.
If you find this package useful, please consider citing [domingofernandez2018]_:
.. [domingofernandez2018] Domingo-Fernandez, D., *et al* (2018). `ComPath: an ecosystem for exploring, analyzing,
and curating mappings across pathway databases <https://doi.org/10.1038/s41540-018-0078-8>`_.
*Npj Systems Biology and Applications*, __5__(1), 3.
**Warning** This package creates ``partOf`` relationships in BEL, but does not convert KEGG mechanistic
relationships to BEL. That functionality is implemented in the
`PathMe project <https://github.com/pathwaymerger/pathme>`_.
Installation |pypi_version| |python_versions| |pypi_license|
------------------------------------------------------------
``bio2bel_kegg`` can be installed easily from `PyPI <https://pypi.python.org/pypi/bio2bel_kegg>`_ with the
following code in your favorite terminal:
.. code-block:: sh
$ pip install bio2bel_kegg
or from the latest code on `GitHub <https://github.com/bio2bel/kegg>`_ in development mode with:
.. code-block:: sh
$ git clone https://github.com/bio2bel/kegg.git
$ cd kegg
$ pip install -e .
Setup
-----
KEGG can be downloaded and populated from either the Python REPL or the automatically installed command line utility.
Python REPL
~~~~~~~~~~~
.. code-block:: python
>>> import bio2bel_kegg
>>> kegg_manager = bio2bel_kegg.Manager()
>>> kegg_manager.populate()
Command Line Utility
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
.. code-block:: bash
bio2bel_kegg populate
Other Command Line Utilities
----------------------------
- Run an admin site for simple querying and exploration :code:`python3 -m bio2bel_kegg web`
(http://localhost:5000/admin/)
- Export gene sets for programmatic use :code:`python3 -m bio2bel_kegg export`
Citation
--------
- Kanehisa, Furumichi, M., Tanabe, M., Sato, Y., and Morishima, K.; KEGG: new perspectives on genomes,
pathways, diseases and drugs. Nucleic Acids Res. 45, D353-D361 (2017).
- Kanehisa, M., Sato, Y., Kawashima, M., Furumichi, M., and Tanabe, M.; KEGG as a reference resource
for gene and protein annotation. Nucleic Acids Res. 44, D457-D462 (2016).
- Kanehisa, M. and Goto, S.; KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes. Nucleic Acids Res. 28, 27-30 (2000).
.. |build| image:: https://travis-ci.org/bio2bel/kegg.svg?branch=master
:target: https://travis-ci.org/bio2bel/kegg
:alt: Build Status
.. |coverage| image:: https://codecov.io/gh/bio2bel/kegg/coverage.svg?branch=master
:target: https://codecov.io/gh/bio2bel/kegg?branch=master
:alt: Coverage Status
.. |documentation| image:: http://readthedocs.org/projects/bio2bel-interpro/badge/?version=latest
:target: http://bio2bel.readthedocs.io/projects/kegg/en/latest/?badge=latest
:alt: Documentation Status
.. |climate| image:: https://codeclimate.com/github/bio2bel/kegg/badges/gpa.svg
:target: https://codeclimate.com/github/bio2bel/kegg
:alt: Code Climate
.. |python_versions| image:: https://img.shields.io/pypi/pyversions/bio2bel_kegg.svg
:alt: Stable Supported Python Versions
.. |pypi_version| image:: https://img.shields.io/pypi/v/bio2bel_kegg.svg
:alt: Current version on PyPI
.. |pypi_license| image:: https://img.shields.io/pypi/l/bio2bel_kegg.svg
:alt: MIT License
.. |zenodo| image:: https://zenodo.org/badge/105248163.svg
:target: https://zenodo.org/badge/latestdoi/105248163
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| <0.16.0,>=0.15.0 | pybel |
| - | click |
| <0.5.0,>=0.4.0 | bio2bel[web] |
| >=0.2.2 | pyobo |
| - | tqdm |
| - | sqlalchemy |
| - | requests |
| - | pandas |
| - | sphinx |
| - | sphinx-rtd-theme |
| - | sphinx-click |
| - | sphinx-autodoc-typehints |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.7 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl bio2bel-kegg-0.3.0:
pip install bio2bel-kegg-0.3.0.whl
نصب پکیج tar.gz bio2bel-kegg-0.3.0:
pip install bio2bel-kegg-0.3.0.tar.gz