معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A point mutation analyzing tool for nucleotide sequence

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bio-pm-0.1.1
نام	bio-pm
نسخه کتابخانه	0.1.1
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Ekeyme Mo
ایمیل نویسنده	ekeyme@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/ekeyme/bio-pm
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bio-pm/
مجوز	MIT

bio-pm ====== .. image:: https://img.shields.io/pypi/v/bio-pm.svg :target: https://pypi.python.org/pypi/bio-pm :alt: Latest PyPI version .. image:: https://travis-ci.org/ekeyme/bio-pm.png :target: https://travis-ci.org/ekeyme/bio-pm :alt: Latest Travis CI build status A point mutation analyzing tool for nucleotide sequence Installation ------------ Install through pip:: pip install bio-pm Or manually (assuming all required modules are installed on your system):: python ./setup.py install Requirements ^^^^^^^^^^^^ * Python >= 2.7 * biopython Examples -------- Analyze point mutation status using ``pm.analyze(seq, stdseq, translate=True)`` ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ .. code-block:: python >>> import pm >>> >>> stdseq = 'ATGGGCGC' >>> seq_with_gap = 'ATGGGCG-C' >>> pm.analyze(seq_with_gap, stdseq) <pm.status.NA object with: gaps=1, nt_pm=1, aa_pm=0, stdseq='ATGGGCGC'> >>> Quickly compare between ``pm.status`` objects ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ ``p.status`` objects with same stdseqs have their internal order. That is ``Y > Conserved > PM > NA``. .. code-block:: python >>> import pm >>> >>> stdseq = "ATGGGCGCT" >>> seq_without_pm = 'ATGGGCGCT' >>> seq_conserved = "ATGGGCGCC" >>> seq_with_pm = 'ATGGGCGAT' >>> status_Y = pm.analyze(seq_without_pm, stdseq) >>> status_Conserved = pm.analyze(seq_conserved, stdseq) >>> status_PM = pm.analyze(seq_with_pm, stdseq) >>> >>> status_Y > status_Conserved > status_PM True >>> Help generate HGVS-like mutation format ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ *Codes continues from* ``Quickly compare the point mutation status objects`` .. code-block:: python >>> from pm.pattern import mutant_to_str >>> >>> status_PM.pattern <pm.pattern.TranslatedPattern object at 0x2b03c9cfdc18> >>> >>> for nt_pm, aa_pm in status_PM.pattern.list(): ... print(mutant_to_str(*nt_pm) + '|' + mutant_to_str(*aa_pm)) ... 8C>A|3A>D Licence ------- MIT licensed. See the bundled `LICENSE <https://github.com/ekeyme/bio-pm/blob/master/LICENSE>`_ file for more details. Authors ------- `bio-pm` was written by `Ekeyme Mo <ekeyme@gmail.com>`_.

نحوه نصب

نصب پکیج whl bio-pm-0.1.1:

pip install bio-pm-0.1.1.whl

نصب پکیج tar.gz bio-pm-0.1.1:

pip install bio-pm-0.1.1.tar.gz