معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Juno: read data generator

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bio-juno-1.0.0
نام	bio-juno
نسخه کتابخانه	1.0.0
نگهدارنده	['hunglin']
ایمیل نگهدارنده	['hunglin59638@gmail.com']
نویسنده	hunglin
ایمیل نویسنده	hunglin59638@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/hunglin59638/juno
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bio-juno/
مجوز	-

# Juno: read data generator Juno have two methods to generate reads fastq. 1. Download the real fastq submitted to NCBI SRA from the contributors 2. Simulate the "fake" fastq If you want to develope genomic tools but has no real data, juno can generate the read fastq for your testing. Juno is also available as a public online resource: https://juno.hlin.tw ## Requirements - Linux - Python >= 3.6 ## Installation ### Pypi version https://pypi.org/project/juno/ ``` pip install juno ``` ### Intall from source ``` git clone https://github.com/hunglin59638/juno.git cd juno python3 setup.py install ``` ## CLI ``` juno -h usage: juno [-h] SUBCOMMAND ... Juno: read data generator optional arguments: -h, --help show this help message and exit subcommands: subcommands SUBCOMMAND sra Download reads from SRA database simulate Simulating reads by reference genome ``` ### Download reads from SRA database ``` juno sra -a SRR19400588 -o /path/to/directory ``` ### Simulate reads fastq There are two way to simulate read fastq 1. Input your genome fasta ``` juno simulate -r /your/genome/fasta -o /path/to/directory --compressed --depth 200 ``` 2. Input RefSeq assembly accession and its genome will be downloaded from NCBI ``` juno simulate -a GCF_002004995.1 -o /path/to/directory --compressed --depth 200 ``` Tips: depth is greater than 200x is the better parameter for bacteria ### Update local NCBI RefSeq assembly summary ``` juno simulate --update ``` ## Python API ### Use Case: Update NCBI RefSeq Assembly Summary and get it in local ``` from juno.data import Assembly assembly = Assembly() assembly.update_assembly() df = assembly.dataframe df.head() ``` ``` assembly_accession bioproject biosample wgs_master refseq_category taxid species_taxid organism_name infraspecific_name isolate version_status assembly_level release_type genome_rep seq_rel_date asm_name submitter gbrs_paired_asm 0 GCF_000001215.4 PRJNA164 SAMN02803731 reference genome 7227 7227 Drosophila melanogaster latest Chromosome Major Full 2014/08/01 Release 6 plus ISO1 MT The FlyBase Consortium/Berkeley Drosophila Genome Project/Celera Genomics GCA_000001215.4 1 GCF_000001405.40 PRJNA168 reference genome 9606 9606 Homo sapiens latest Chromosome Patch Full 2022/02/03 GRCh38.p14 Genome Reference Consortium GCA_000001405.29 2 GCF_000001635.27 PRJNA169 reference genome 10090 10090 Mus musculus latest Chromosome Major Full 2020/06/24 GRCm39 Genome Reference Consortium GCA_000001635.9 3 GCF_000001735.4 PRJNA116 SAMN03081427 reference genome 3702 3702 Arabidopsis thaliana ecotype=Columbia latest Chromosome Minor Full 2018/03/15 TAIR10.1 The Arabidopsis Information Resource (TAIR) GCA_000001735.2 4 GCF_000001905.1 PRJNA70973 SAMN02953622 AAGU00000000.3 representative genome 9785 9785 Loxodonta africana ISIS603380 latest Scaffold Major Full 2009/07/15 Loxafr3.0 Broad Institute GCA_000001905.1 ``` ### Use Case: Download assembly genome ``` from juno.data import Assembly assembly = Assembly() genome_path = assembly.download("GCF_002004995.1", "/your/output/directory") ``` ### Use Case: Simulate reads from genome reference ``` from juno.simulator import Simulator sm = Simulator ``` ## Citation - pysradb: A Python package to query next-generation sequencing metadata and data from NCBI Sequence Read Archive (https://f1000research.com/articles/8-532/v1) - PBSIM2: a simulator for long-read sequencers with a novel generative model of quality scores (https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa835)

نیازمندی

مقدار	نام
<2.0.0,>=1.3.0	pysradb
<0.3.0,>=0.2.3	streamlit-aggrid
<2.0.0,>=1.9.2	streamlit

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.8,<4.0	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl bio-juno-1.0.0:

pip install bio-juno-1.0.0.whl

نصب پکیج tar.gz bio-juno-1.0.0:

pip install bio-juno-1.0.0.tar.gz