معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

GOPHER: GenOmic Profile-model compreHensive EvaluatoR

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bio-gopher-1.0.3
نام	bio-gopher
نسخه کتابخانه	1.0.3
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	-
ایمیل نویسنده	Shushan Toneyan <toneyan@cshl.edu>, Ziqi Tang <ztang@cshl.edu>, Peter Koo <pkoo@cshl.edu>
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bio-gopher/
مجوز	-

<img src="./DALL·E 2022-10-05 14.40.17 - Constellation in a shape of groundhog. graphical art.png" width="100" height='100'> **GOPHER**: **G**en**O**mic **P**rofile-model compre**H**ensive **E**valuato**R** ## Installation ``` $ pip install bio-gopher ``` Note that for proper installation, numpy needs to be installed before pyBigWig. This repository contains scripts for data preprocessing, training deep learning models for DNA sequence to epigenetic function prediction and evaluation of models. The repo contains a set of tutorial jupyter notebooks that illustrate these steps on a toy dataset. The two notebooks below are required prerequisites for the rest of tutorials: - preprocessing/preprocessing/quant_dataset_tutorial.ipynb - tutorials/train_model.ipynb To replicate the results of the manuscript run the scripts in the analyzis directory. As a prerequisite download and unzip dataset.zip, trained_models.zip from zenodo https://doi.org/10.5281/zenodo.6464031 within the git repo. These contain test sets and pre-trained models. The analysis scripts can be ran in any order as long as paper_run_evaluate.py is ran first, in order to produce model evaluations which is required for further steps.

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl bio-gopher-1.0.3:

pip install bio-gopher-1.0.3.whl

نصب پکیج tar.gz bio-gopher-1.0.3:

pip install bio-gopher-1.0.3.tar.gz