معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Anglerfish, a tool to demultiplex Illumina libraries from ONT data

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bio-anglerfish-0.5.0
نام	bio-anglerfish
نسخه کتابخانه	0.5.0
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Remi-Andre Olsen
ایمیل نویسنده	remi-andre.olsen@scilifelab.se
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/remiolsen/anglerfish
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bio-anglerfish/
مجوز	MIT

# Anglerfish [![Anglerfish CI Status](https://github.com/remiolsen/anglerfish/workflows/Anglerfish/badge.svg)](https://github.com/remiolsen/anglerfish/actions) [![PyPI](https://img.shields.io/pypi/v/bio-anglerfish)](https://pypi.python.org/pypi/bio-anglerfish/) [![Conda (channel only)](https://img.shields.io/conda/vn/bioconda/anglerfish)](https://anaconda.org/bioconda/anglerfish) [![Docker Container available](https://img.shields.io/docker/automated/remiolsen/anglerfish.svg)](https://hub.docker.com/r/remiolsen/anglerfish/) ## Introduction Anglerfish is a tool designed to demultiplex Illumina libraries sequenced on Oxford Nanopore flowcells. The primary purpose for this would be to do QC, i.e. to check pool balancing, assess contamination, library insert sizes and so on. For more information on how this can be used, please see this [poster](docs/AGBT_poster_20200214.pdf). ## Installation ### Requirements * Python3 (3.7) Python modules: * biopython v. 1.70 * python-levenshtein v. 0.12.0 * numpy v. 1.19.2 Software: * minimap2 v. 2.20 ### From PyPi ``` pip install bio-anglerfish ``` ### From Bioconda ``` conda install -c bioconda anglerfish ``` ### Manually with Conda First [install miniconda](https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html), then: ``` git clone https://github.com/remiolsen/anglerfish.git cd anglerfish # Create a the anglerfish conda environment conda env create -f environment.yml # Install anglerfish pip install -e . ``` ### Development version ``` pip install --upgrade --force-reinstall git+https://github.com/remiolsen/anglerfish.git ``` ## Usage Anglerfish requires two files to run. * A basecalled FASTQ file from for instance Guppy (`/path/to/ONTreads.fastq.gz`) * A samplesheet containing the sample names and indices expected to be found in the sequencing run. (`/path/to/samples.csv`) Example of a samplesheet file: ``` P12864_201,truseq_dual,TAATGCGC-CAGGACGT,/path/to/ONTreads.fastq.gz P12864_202,truseq_dual,TAATGCGC-GTACTGAC,/path/to/ONTreads.fastq.gz P9712_101, truseq_dual,ATTACTCG-TATAGCCT,/path/to/ONTreads.fastq.gz P9712_102, truseq_dual,ATTACTCG-ATAGAGGC,/path/to/ONTreads.fastq.gz P9712_103, truseq_dual,ATTACTCG-CCTATCCT,/path/to/ONTreads.fastq.gz P9712_104, truseq_dual,ATTACTCG-GGCTCTGA,/path/to/ONTreads.fastq.gz P9712_105, truseq_dual,ATTACTCG-AGGCGAAG,/path/to/ONTreads.fastq.gz P9712_106, truseq_dual,ATTACTCG-TAATCTTA,/path/to/ONTreads.fastq.gz ``` Or using single index: ``` P12345_101,truseq,CAGGACGT,/path/to/ONTreads.fastq.gz ``` Then run: ``` anglerfish -s /path/to/samples.csv ``` ### Optional ``` --out_fastq OUT_FASTQ, -o OUT_FASTQ Analysis output folder (default: Current dir) --samplesheet SAMPLESHEET, -s SAMPLESHEET CSV formatted list of samples and barcodes --threads THREADS, -t THREADS Number of threads to use (default: 4) --skip_demux, -c Only do BC counting and not demuxing --max-distance MAX_DISTANCE, -m MAX_DISTANCE Manually set maximum edit distance for BC matching, automatically set this is set to either 1 or 2 ``` ### Output files In folder `anglerfish_????_??_??_?????/` * `*.fastq.gz` Demultuplexed reads (if any) * `anglerfish_stats.txt` Barcode statistics from anglerfish run * `anglerfish_stats.json` Machine readable anglerfish statistics ## Credits The Anglerfish code was written by [@remiolsen](https://github.com/remiolsen) but it would not exist without the contributions of [@FranBonath](https://github.com/FranBonath), [@taborsak](https://github.com/taborsak), [@ssjunnebo](https://github.com/ssjunnebo) and Carl Rubin. Also, the [Anglerfish logo](docs/Anglerfish_logo.svg) was designed by [@FranBonath](https://github.com/FranBonath). <p align="center"> <img src="docs/Anglerfish_logo.svg"> </p>

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl bio-anglerfish-0.5.0:

pip install bio-anglerfish-0.5.0.whl

نصب پکیج tar.gz bio-anglerfish-0.5.0:

pip install bio-anglerfish-0.5.0.tar.gz