معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A graphviz-based plotting tool for compositional bigraph schema

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bigraph-viz-0.0.9
نام	bigraph-viz
نسخه کتابخانه	0.0.9
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Eran Agmon
ایمیل نویسنده	agmon.eran@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/vivarium-collective/bigraph-viz
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bigraph-viz/
مجوز	-

# Bigraph-viz [![PyPI](https://img.shields.io/pypi/v/bigraph-viz.svg)](https://pypi.org/project/bigraph-viz/) [![GitHub Pages](https://img.shields.io/badge/GitHub%20Pages-Tutorial-brightgreen)](https://vivarium-collective.github.io/bigraph-viz/notebooks/basics.html) **Bigraph-viz** is an easy-to-use plotting tool for compositional bigraph schema, built on top of Graphviz. <p align="center"> <img src="https://github.com/vivarium-collective/bigraph-viz/blob/main/doc/_static/cell_structure_function.png?raw=true" width="600" alt="Bigraph-viz example"> </p> ## Compositional Schemas and Milner Bigraphs Compositional Bigraph Schemas (CBS) are based on a mathematical formalism introduced by <a href="https://www.google.com/search?q=the+space+and+motion+of+communicating+agents+by+robin+milner" target="_blank">Robin Milner in 2009</a> , and used in Vivarium. Bigraphs consist of networks with embeddable nodes that can be placed *within* other nodes and dynamically restructured. CBS reimagines the bigraph concept. Variables are contained within Stores (the circles in the figure), which can be embedded in a hierarchy, as shown by the dark edges. Instead of Milner's hyperedges, CBS employs Processes (the rectangles) which connect via wires (dashed edges) to shared variables within the Stores. Processes and Stores form a type of bipartite graph, as illustrated by the dashed edges. In Vivarium, the CBS is used to structure a modular multiscale simulation. Bigraph-viz is part of an effort to standardize this structure, so that it can be used as an exchange format for multiscale simulations. ## Getting Started ### Dependencies Before installing `bigraph-viz`, make sure you have [Graphviz](https://pypi.org/project/graphviz/). #### Ubuntu/Debian ```console sudo apt-get install -y graphviz ``` #### macOS ```console brew install graphviz ``` #### Windows Download and install the Graphviz installer from the [official website](https://graphviz.org/download/). Make sure to add the Graphviz bin directory to your system's PATH. ### Installation Once Graphviz is installed, you can install `bigraph-viz` using pip: ```console pip install bigraph-viz ``` ## Tutorial To get started with Bigraph-viz, explore the [Bigraph Schema Basics Tutorial](https://vivarium-collective.github.io/bigraph-viz/notebooks/basics.html). See the [Formatting Tutorial](https://vivarium-collective.github.io/bigraph-viz/notebooks/format.html) for examples about how to adjust the final look of your bigraph figure. See [Ecoli](https://raw.githubusercontent.com/vivarium-collective/bigraph-viz/main/doc/_static/ecoli.png) for the wiring diagraph of a whole-cell E. coli model.

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl bigraph-viz-0.0.9:

pip install bigraph-viz-0.0.9.whl

نصب پکیج tar.gz bigraph-viz-0.0.9:

pip install bigraph-viz-0.0.9.tar.gz