معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Large scale Markov clustering (MCL) via subgraph extraction

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bigmcl-0.2b2
نام	bigmcl
نسخه کتابخانه	0.2b2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	xonq
ایمیل نویسنده	konkelzach@protonmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://gitlab.com/xonq/bigmcl
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bigmcl/
مجوز	-

# bigmcl ## Large scale Markov clustering (MCL) via subgraph extraction `bigmcl` will isolate disconnected subgraphs from a large graph file and execute MCL on the subgraphs. bigmcl enables MCL on large, highly disconnected graphs, such as those used in orthogroup inference. Not recommended for graphs that are manageable with typical MCL. Important to note that the inflation parameter is affected by this approach - I have noted clusters are more granular if anything. In the future, I plan on implementing a systematic approach option for identifying ideal inflations for each subgraph. Please cite this git repository and MCL when this software contributes to your analysis. ## DISCLAIMER `bigmcl` is currently in a beta state, and while I appreciate bringing issues to my attention, I am currently focused on getting things working well for my own research, so I cannot guarantee timely issue resolution. My hope is `bigmcl` will be in a longterm stable state by publication 2022. <br /> ## INSTALL ``` pip install bigmcl ``` Clone `mcl` [from here](https://github.com/micans/mcl), compile, and add to your path. <br /> ## USE Input and go: ``` bigmcl -i <GRAPH.imx> -I 1.5 ``` More elaborate options: ``` usage: bigmcl.py [-h] -i INPUT -I INFLATION [-s] [-r ROW_FILE] [-m] [-o OUTPUT] [-c CORES] [-v] Isolates disconnected graphs and runs MCL on the subgraphs. Input data must be numerical. optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i INPUT, --input INPUT MCL graph file in imx format -I INFLATION, --inflation INFLATION -s, --symmetric Matrix is symmetric (throughput increase) -r ROW_FILE, --row_file ROW_FILE Continue from finished row.txt -m, --mcl_format Output clusters in MCL format -o OUTPUT, --output OUTPUT Alternative output directory -c CORES, --cores CORES -v, --verbose ```

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.0,<4	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl bigmcl-0.2b2:

pip install bigmcl-0.2b2.whl

نصب پکیج tar.gz bigmcl-0.2b2:

pip install bigmcl-0.2b2.tar.gz