معرفی شرکت ها

bigcsv-1.0.2

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
1.0.2
1.0.0
0.0.8
0.0.7
0.0.6
0.0.5
1.0.2
1.0.0
0.0.8
0.0.7
0.0.6
0.0.5

توضیحات

A small library for taking the transpose of arbitrarily large .csvs
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل bigcsv-1.0.2
نام bigcsv
نسخه کتابخانه 1.0.2
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Julian Lehrer
ایمیل نویسنده jmlehrer@ucsc.edu
آدرس صفحه اصلی https://github.com/jlehrer1/big-csv
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/bigcsv/
مجوز MIT license
# bigcsv: A small Python library to manipulate large csv files that can't fit in memory. ## Transposition `bigcsv` allows for easy calculation of csv transposes, even when the csv is much too large to fit in memory. ## Converting to h5ad If data is purely numeric, it is much more efficient to store in in `h5ad` (readable by `AnnData`), which uses the amazing HDF5 format under-the-hood. ## Installation To install, run `pip install bigcsv` ## How to use All operations are method of the `BigCSV` class, which contains metadata information used to do all calculations. ```python from bigcsv import BigCSV obj = BigCSV( file='massive_dataset.csv', chunksize=400, # Number of rows to read in at each iteration # leave as default # insep=',', # outsep=',', # chunksize=400, # save_chunks=False, # quiet=False, ) obj.to_h5ad(outfile='converted.h5ad') # Or maybe we want to keep as csv, but transpose it (in the case of non-numerical data) obj.transpose(outfile='dataset_T.csv') ``` ## Documentation 1. `bigcsv.BigCSV` Class containing methods for manipulating csvs. ### Parameters: `file`: Path to input file `outfile`: Path to output file (transposed input file) `insep=','`: Input separator for delimited file, by default is `,` `outsep=','`: Output separator for delimited file (in the case of csv --> csv operations) `chunksize=400`: Number of lines per iteration `save_chunks`: To save intermediate chunks or not `chunkfolder=None`: Optional, Path to chunkfolder `quiet=False`: Boolean indicating whether to print progress or not 2. `bigcsv.BigCSV.transpose_csv` ### Parameters: `outfile=None`: Ouput file to write to, or if specified in initialization, writes to that file name 3. `bigcsv.BigCSV.to_h5ad` ### Parameters `outfile=None`: Ouput file to write to, or if specified in initialization, writes to that file name `sparsify: bool=False`: Sparsify rows in h5 matrix `compression: str='infer'`: Compression format of input csv, if compressed. Probably just leave to infer unless the filename is weird. `lines: int=None`: Number of lines in the file. If you know a priori, this saves some time. Also cannot be calculated for compressed files. `dtype: Any=None`: dtype of entries of input matrix `index_col: str=None`: Column of input csv to use as index, if any. `index: bool=True`: Save index when converting to h5ad.


نیازمندی

مقدار نام
- pandas
- numpy
- tqdm
- boto3


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl bigcsv-1.0.2:

    pip install bigcsv-1.0.2.whl


نصب پکیج tar.gz bigcsv-1.0.2:

    pip install bigcsv-1.0.2.tar.gz