معرفی شرکت ها

bfscan-0.0.4

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.0.4
0.0.3
0.0.2
0.0.1

توضیحات

bfscan is designed to detect foodborne pathogens using bloom filter and machine learning
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل bfscan-0.0.4
نام bfscan
نسخه کتابخانه 0.0.4
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Thiago Pereira de Oliveira Carvalho, Frederico Schmitt Kremer
ایمیل نویسنده thg.baum@gmail.com, fred.s.kremer@gmail.com
آدرس صفحه اصلی -
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/bfscan/
مجوز -
# bfscan BFScan is a tool to scan FASTA and FASTQ files using a combination of k-mer composition, Bloom-filter and machine learning methods. ## Example ### 1. Construction a collection of Bloom filters for targets organisms ``` $ bfscan-build-filters \ -i \ data/fasta/salmonella.fasta \ data/fasta/listeria.fasta \ data/fasta/campylobacter.fasta \ -o data/filters/filter ``` ### 2. Training a machine learning model ``` $ bfscan-build-model \ -i \ data/fasta/salmonella.fasta \ data/fasta/listeria.fasta \ data/fasta/campylobacter.fasta \ -o data/models/model \ -background data/fastq/metagenome.fastq \ -r data/reports/classification_report.txt ``` ### 3. Running the search ``` $ bfscan-search \ -i \ reads.fastq \ -o data/results/filtered \ -F fastq ``


نیازمندی

مقدار نام
- pandas
- Biopython
- tqdm
- numpy
- bloom-filter2
- scikit-learn
- imbalanced-learn
- twine
- matplotlib
- xgboost


نحوه نصب


نصب پکیج whl bfscan-0.0.4:

    pip install bfscan-0.0.4.whl


نصب پکیج tar.gz bfscan-0.0.4:

    pip install bfscan-0.0.4.tar.gz