معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Tools for analyzing CRISPR data with REPorter edits

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	berets-0.1.2
نام	berets
نسخه کتابخانه	0.1.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Jayoung Ryu
ایمیل نویسنده	jayoung_ryu@g.harvard.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/pinellolab/beret
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/berets/
مجوز	-

# <img src="beret.svg" alt="beret" width="300"/> **B**ase **E**diting with **Re**porter analysis **T**oolkit. This is an analysis toolkit for the pooled CRISPR reporter or sensor data. The reporter technique transfects cells with plasmid with not only sgRNA but with the **target sequence surrogate** which we call **reporter** or **sensor**. <img src="anbe.svg" alt="anbe" width="500"/> ## Installation Downloading from PyPI: ``` pip install berets ``` ## Count reporter screen data Aligns guide with matched reporter allele counts in multiple samples. <img src="reporter_screen.svg" alt="reporter screen" width="700"/> ```python beret-count-samples \ --input sample_list.csv \ # sample with lines 'R1_filepath,R2_filepath,sample_name\n' -b A \ # base that is being edited (A/G) -f gRNA_library.csv \ # sgRNA information -o . \ # output directory -a \ # read allele information -r \ # read reporter edit information -m \ # read matched guide and reporter edit information -t 12 \ # number of threads --name LDLvar_fullsort \ # name of this sample run ``` This produces `.h5ad` and `.xlsx` file with guide and per-guide allele counts. `.h5ad` file follows annotated matrix format compatible with `AnnData` and is based on `Screen` object in [purturb_tools](https://github.com/pinellolab/perturb-tools) and contains the per-guide allele counts. <img src="screendata.svg" alt="screendata" width="700"/> ## Using as python module ``` import beret as br cdata = br.read_h5ad("beret_counts_sample.h5ad") ``` See the [tutorial](beret_test.rst) for more detail.

نیازمندی

مقدار	نام
-	numpy
>=0.0.16	perturb-tools

نحوه نصب

نصب پکیج whl berets-0.1.2:

pip install berets-0.1.2.whl

نصب پکیج tar.gz berets-0.1.2:

pip install berets-0.1.2.tar.gz