معرفی شرکت ها
bento-mdf-0.4.5
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشتر
تبلیغات ما
مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.
مشاهده بیشترتوضیحات
Python driver/validator for Bento Model Description Format
| ویژگی | مقدار |
|---|---|
| سیستم عامل | - |
| نام فایل | bento-mdf-0.4.5 |
| نام | bento-mdf |
| نسخه کتابخانه | 0.4.5 |
| نگهدارنده | [] |
| ایمیل نگهدارنده | [] |
| نویسنده | Mark A. Jensen |
| ایمیل نویسنده | mark.jensen@nih.gov |
| آدرس صفحه اصلی | - |
| آدرس اینترنتی | https://pypi.org/project/bento-mdf/ |
| مجوز | Apache 2.0 |
bento_mdf
=======
Python 3 drivers for the graph [Model Description Format](https://github.com/CBIIT/bento-mdf)
This directory provides ``test-mdf.py``, a standalone command line MDF validator.
## Installation
Install the latest version (including scripts below) from GitHub using
an up-to-date pip:
pip install bento_mdf@git+https://github.com/CBIIT/bento-mdf.git#egg=subdir\&subdirectory=drivers/python
## Scripts
Scripts [`test-mdf.py`](./test-mdf.py) and
[`load-mdf.py`](./load-mdf.py) are included in the
distribution. `test-mdf` is a verbose validator that can be used to
find issues in a set of local MDFs using the [MDF
JSONSchema](../../schema/mdf-schema.yaml). `load-mdf` will load a
valid set of MDFs into an existing [Neo4j](https://neo4j.com) [Metamodel Database](https://github.com/CBIIT/bento-meta).
## `test-mdf` Usage
$ test-mdf.py -h
usage: test-mdf.py [-h] [--schema SCHEMA] [--quiet] [--log-file LOG_FILE]
mdf-file [mdf-file ...]
Validate MDF against JSONSchema
positional arguments:
mdf-file MDF yaml files for validation
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--schema SCHEMA MDF JSONschema file
--quiet Suppress output; return only exit value
--log-file LOG_FILE Log file name
See "Validator Notes" below.
## `load-mdf` Usage
$ ./load-mdf.py -h
usage: load-mdf.py [-h] --commit COMMIT [--handle HANDLE] [--user USER] [--passw PASSW]
[--bolt BoltURL] [--put]
[MDF-FILE ...]
Load model in MDF into an MDB
positional arguments:
MDF-FILE MDF file(s)/url(s)
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
--commit COMMIT commit SHA1 for MDF instance (if any)
--handle HANDLE model handle
--user USER MDB username
--passw PASSW MDB password
--bolt BoltURL MDB Bolt url endpoint (specify as 'bolt://...')
--put Load model to database
## Validator `test-mdf.py`Notes
The ``--schema`` argument is optional. ``test-mdf.py`` will automatically retrieve the latest [mdf-schema.yaml](../../schema/mdf-schema.yaml) in the master branch of [this repo](https://github.com/CBIIT/bento-mdf).
The script tests both the syntax of the YAML (for both schema and MDF files), and the validity of the files with respect to the JSONSchema (for both schema and MDF files).
The errors are as emitted from the [PyYaml](https://pyyaml.org/wiki/PyYAMLDocumentation) and [jsonschema](https://python-jsonschema.readthedocs.io/en/stable/) packages, and can be rather obscure.
* Successful test
$ test-mdf.py samples/ctdc_model_file.yaml samples/ctdc_model_properties_file.yaml
Checking schema YAML =====
Checking as a JSON schema =====
Checking instance YAML =====
Checking instance against schema =====
* Bad YAML syntax
$ test-mdf.py samples/ctdc_model_bad.yaml samples/ctdc_model_properties_file.yaml
Checking schema YAML =====
Checking as a JSON schema =====
Checking instance YAML =====
YAML error in 'samples/ctdc_model_bad.yaml':
while parsing a block mapping
in "samples/ctdc_model_bad.yaml", line 1, column 1
expected <block end>, but found '<block mapping start>'
in "samples/ctdc_model_bad.yaml", line 3, column 3
* Schema-invalid YAML
$ test-mdf.py samples/ctdc_model_file_invalid.yaml samples/ctdc_model_properties_file.yaml
Checking schema YAML =====
Checking as a JSON schema =====
Checking instance YAML =====
Checking instance against schema =====
['show_node', 'specimen_id', 'biopsy_sequence_number', 'specimen_type'] is not of type 'object'
Failed validating 'type' in schema['properties']['Nodes']['additionalProperties']:
{'$id': '#nodeSpec',
'properties': {'Category': {'$ref': '#/defs/snake_case_id'},
'Props': {'oneOf': [{'items': {'$ref': '#/defs/snake_case_id'},
'type': 'array',
'uniqueItems': True},
{'type': 'null'}]},
'Tags': {'$ref': '#/defs/tagsSpec'}},
'required': ['Props'],
'type': 'object'}
On instance['Nodes']['specimen']:
['show_node', 'specimen_id', 'biopsy_sequence_number', 'specimen_type']
## Testing the tester
The validator code itself can be tested as follows:
pip install tox
cd bento-mdf/validators/mdf-validate
tox
نیازمندی
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=0.0.54 | bento-meta |
| >=4.17.3,<5.0.0 | jsonschema |
| >=6 | pyyaml |
| >=0.7.9,<0.8.0 | delfick-project |
| >=2.28.2,<3.0.0 | requests |
| >=4.64.1,<5.0.0 | tqdm |
زبان مورد نیاز
| مقدار | نام |
|---|---|
| >=3.8,<4.0 | Python |
نحوه نصب
نصب پکیج whl bento-mdf-0.4.5:
pip install bento-mdf-0.4.5.whl
نصب پکیج tar.gz bento-mdf-0.4.5:
pip install bento-mdf-0.4.5.tar.gz