معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

A web application exposing core PyBEL functionalities

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bel-commons-0.3.1
نام	bel-commons
نسخه کتابخانه	0.3.1
نگهدارنده	['Charles Tapley Hoyt']
ایمیل نگهدارنده	['cthoyt@gmail.com']
نویسنده	Charles Tapley Hoyt
ایمیل نویسنده	cthoyt@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/bel-commons/bel-commons
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bel-commons/
مجوز	MIT

BEL Commons |build| |docs| ========================== An environment for curating, validating, and exploring knowledge assemblies encoded in Biological Expression Language (BEL) to support elucidating disease-specific, mechanistic insight. Installation ~~~~~~~~~~~~ BEL Commons can be installed easily from `PyPI <https://pypi.python.org/pypi/bel_commons>`_ with the following code in your favorite shell: .. code-block:: sh $ pip install bel_commons Get the latest code on `GitHub <https://github.com/bel-commons/bel-commons>`_ with: .. code-block:: sh $ python3 -m pip install git+https://github.com/bel-commons/bel-commons.git It's also suggested to use a relational database management system like PostgreSQL and install their corresponding connectors: .. code-block:: sh $ python3 -m pip install psycopg2-binary Usage ----- Run BEL Commons ~~~~~~~~~~~~~~~ A test server can be easily run with: .. code-block:: sh $ bel-commons run A more powerful server like ``gunicorn`` can also be used like: .. code-block:: sh $ gunicorn bel_commons.wsgi:flask_app Running with the Parser ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ To run the parser, you'll need an instance of a message queue like `RabbitMQ <https://www.rabbitmq.com>`_ (or any other message queue supported by `Celery <https://pypi.python.org/pypi/celery>`_), a results backend like `Redis <https://redis.io/>`_, and a worker. It's best to run in docker if you want to do this. Run with Docker ~~~~~~~~~~~~~~~ Clone this repo from GitHub .. code-block:: sh $ git clone https://github.com/bel-commons/bel-commons.git $ cd bel-commons Create a file called ``.env`` and generate both ``SECRET_KEY`` and ``SECURITY_PASSWORD_SALT``. .. code-block:: sh SECRET_KEY=mypassword SECURITY_PASSWORD_SALT=mypassword BUTLER_NAME="BEL Commons Butler" BUTLER_EMAIL=bel@example.com BUTLER_PASSWORD=butlerpassword Run docker compose: .. code-block:: sh $ docker-compose up Ports exposed: - 5002: BEL Commons web application - 5432: PostgreSQL database Reset the Database ~~~~~~~~~~~~~~~~~~ For the times when you just have to burn it down and start over: 1. ``bel-commons manage drop`` will nuke the database and output a user list 2. ``bel-commons manage load`` will automatically add the most recently exported user list 3. ``bel-commons manage examples load`` will automatically load some example networks and data sets Citation -------- If you find BEL Commons useful in your work, please consider citing [Hoyt2018]_ and [Hoyt2017]_: .. [Hoyt2018] Hoyt, C. T., Domingo-Fernández, D., & Hofmann-Apitius, M. (2018). `BEL Commons: an environment for exploration and analysis of networks encoded in Biological Expression Language <https://doi.org/10.1093/database/bay126>`_. *Database*, 2018(3), 1–11. .. [Hoyt2017] Hoyt, C. T., Konotopez, A., & Ebeling, C., (2017). `PyBEL: a computational framework for Biological Expression Language <https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx660>`_. *Bioinformatics*, 34(4), 703–704. Acknowledgements ---------------- Supporters ~~~~~~~~~~ This project has been supported by several organizations: - `University of Bonn <https://www.uni-bonn.de>`_ - `Bonn Aachen International Center for IT <http://www.b-it-center.de>`_ - `Fraunhofer Institute for Algorithms and Scientific Computing <https://www.scai.fraunhofer.de>`_ - `Fraunhofer Center for Machine Learning <https://www.cit.fraunhofer.de/de/zentren/maschinelles-lernen.html>`_ - `IMI <https://www.imi.europa.eu/>`_ (in the `AETIONOMY <http://www.aetionomy.eu/>`_ project) Logo ~~~~ The BEL Commons `logo <https://github.com/pybel/pybel-art>`_ was designed by `Scott Colby <https://github.com/scolby33>`_. .. |build| image:: https://travis-ci.com/bel-commons/bel-commons.svg?branch=master :target: https://travis-ci.com/bel-commons/bel-commons :alt: Travis-CI Build Status .. |docs| image:: https://readthedocs.org/projects/bel-commons/badge/?version=latest :target: https://bel-commons.readthedocs.io/en/latest/?badge=latest :alt: Documentation Status

نیازمندی

مقدار	نام
<0.15.0,>=0.14.9	pybel
<0.9.0,>=0.8.0	pybel-tools
<0.4.0,>=0.3.0	bio2bel
-	requests
-	click
-	tqdm
-	easy-config
-	dataclasses-json
-	ols-client
>=2.1	networkx
-	pandas
-	scikit-learn
-	numpy
-	sqlalchemy
-	celery[redis]
-	psycopg2-binary
>=1.0.0	flask
-	flask-bootstrap
-	flask-wtf
-	flask-security
-	flask-admin
-	flask-sqlalchemy
-	email-validator
-	werkzeug
-	jsonschema
-	flasgger
-	raven
-	gunicorn
-	bio2bel-hgnc
-	bio2bel-chebi
-	bio2bel-mirtarbase
-	bio2bel-entrez
-	bio2bel-expasy
-	bio2bel-interpro
-	bio2bel-go
-	sphinx
-	sphinx-rtd-theme
-	sphinx-click
-	sphinx-autodoc-typehints

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
>=3.7	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl bel-commons-0.3.1:

pip install bel-commons-0.3.1.whl

نصب پکیج tar.gz bel-commons-0.3.1:

pip install bel-commons-0.3.1.tar.gz