معرفی شرکت ها

bedparse-0.2.3

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.2.3
0.2.2
0.2.1
0.2.0
0.1.2
0.1.1
0.1.0b1
0.2.3
0.2.2
0.2.1
0.2.0
0.1.2
0.1.1
0.1.0b1

توضیحات

A simple library and CLI tool to manipulate BED files
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل bedparse-0.2.3
نام bedparse
نسخه کتابخانه 0.2.3
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Tommaso Leonardi
ایمیل نویسنده tom@tleo.io
آدرس صفحه اصلی https://github.com/tleonardi/bedparse
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/bedparse/
مجوز MIT
[![Build Status](https://travis-ci.org/tleonardi/bedparse.svg?branch=master)](https://travis-ci.org/tleonardi/bedparse) [![Docs Status](https://readthedocs.org/projects/bedparse/badge/?version=latest&style=flat)](https://bedparse.readthedocs.io/en/latest/) [![JOSS Status](http://joss.theoj.org/papers/22763a3b37fde13e548e884edd3221fa/status.svg)](http://joss.theoj.org/papers/22763a3b37fde13e548e884edd3221fa) [![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.2578820.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.2578820) [![License: MIT](https://img.shields.io/badge/License-MIT-brightgreen.svg)](https://opensource.org/licenses/MIT) # Bedparse ![](docs/bedparse.svg) Bedparse is a simple python module and CLI tool to perform common operations on BED files. It offers 11 sub-commands that implement the following functionality: * `filter`: Filtering of transcripts based on annotations * `join`: Joining of annotation files based on transcript names * `gtf2bed`: Conversion from GTF to BED format * `convertChr`: Conversion from UCSC to Ensembl chromosome names (and viceversa) * `bed12tobed6`: Conversion from bed12 to bed6 * `promoter`: Promoter reporting * `introns`: Intron reporting * `cds`: CDS reporting * `3pUTR` and `5pUTR`: UTR reporting * `validateFormat`: Check that the file conforms with the BED format ## Installation Installing is as simple as: ``` pip install bedparse ``` ## Basic usage The basic syntax in the form: `bedparse subcommand [parameters]`. For a list of all subcommands and a brief explanation of what they do, use: `bedparse --help`. For a detailed explanation of each subcommand and a list of its parameters, use the `--help` option after the subcommand's name, e.g.: `bedparse promoter --help` ## Documentation Our documentation is hosted on [Read the Docs](https://bedparse.readthedocs.io/en/latest/). We also have a short [tutorial](https://bedparse.readthedocs.io/en/latest/Tutorial.html) to guide you through the basic functions. ## Publications If you use bedparse please cite the following [paper](https://joss.theoj.org/papers/10.21105/joss.01228): _Leonardi, (2019). Bedparse: feature extraction from BED files. Journal of Open Source Software, 4(34), 1228, https://doi.org/10.21105/joss.01228_


نیازمندی

مقدار نام
- argparse
- setuptools


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.4 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl bedparse-0.2.3:

    pip install bedparse-0.2.3.whl


نصب پکیج tar.gz bedparse-0.2.3:

    pip install bedparse-0.2.3.tar.gz