معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Read and write the PLINK BED format, simply and efficiently.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bed-reader-0.2.9
نام	bed-reader
نسخه کتابخانه	0.2.9
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	FaST-LMM Team <fastlmm-dev@python.org>
ایمیل نویسنده	FaST-LMM Team <fastlmm-dev@python.org>
آدرس صفحه اصلی	https://fastlmm.github.io/
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bed-reader/
مجوز	Apache-2.0

[![PyPI version](https://badge.fury.io/py/bed-reader.svg)](https://badge.fury.io/py/bed-reader) [![PyPI version](https://badge.fury.io/py/bed-reader.svg)](https://badge.fury.io/py/bed-reader) [![Build Status](https://github.com/fastlmm/bed-reader/actions/workflows/ci.yml/badge.svg?branch=master)](https://github.com/fastlmm/bed-reader/actions/workflows/ci.yml) ![PyPI](https://img.shields.io/pypi/v/bed-reader) Read and write the PLINK BED format, simply and efficiently. *This is the Python README. For Rust, see [README-rust.md](https://crates.io/crates/bed-reader).* Features: * Fast multi-threaded Rust engine. * Supports all Python indexing methods. Slice data by individuals (samples) and/or SNPs (variants). * Used by [PySnpTools](https://github.com/fastlmm/PySnpTools), [FaST-LMM](https://github.com/fastlmm/FaST-LMM), and [PyStatGen](https://github.com/pystatgen). * Supports [PLINK 1.9](https://www.cog-genomics.org/plink2/formats). Install ==================== pip install bed-reader Usage ======== Read genomic data from a .bed file. ```python >>> import numpy as np >>> from bed_reader import open_bed, sample_file >>> >>> file_name = sample_file("small.bed") >>> bed = open_bed(file_name) >>> val = bed.read() >>> print(val) [[ 1. 0. nan 0.] [ 2. 0. nan 2.] [ 0. 1. 2. 0.]] >>> del bed ``` Read every second individual and SNPs (variants) from 20 to 30. ```python >>> file_name2 = sample_file("some_missing.bed") >>> bed2 = open_bed(file_name2) >>> val2 = bed2.read(index=np.s_[::2,20:30]) >>> print(val2.shape) (50, 10) >>> del bed2 ``` List the first 5 individual (sample) ids, the first 5 SNP (variant) ids, and every unique chromosome. Then, read every genomic value in chromosome 5. ```python >>> with open_bed(file_name2) as bed3: ... print(bed3.iid[:5]) ... print(bed3.sid[:5]) ... print(np.unique(bed3.chromosome)) ... val3 = bed3.read(index=np.s_[:,bed3.chromosome=='5']) ... print(val3.shape) ['iid_0' 'iid_1' 'iid_2' 'iid_3' 'iid_4'] ['sid_0' 'sid_1' 'sid_2' 'sid_3' 'sid_4'] ['1' '10' '11' '12' '13' '14' '15' '16' '17' '18' '19' '2' '20' '21' '22' '3' '4' '5' '6' '7' '8' '9'] (100, 6) ``` Project Links ============== - [**Documentation**](http://fastlmm.github.io/bed-reader) - **Questions to**: [fastlmm-dev@python.org](mailto:fastlmm-dev@python.org) - [**Source code**](https://github.com/fastlmm/bed-reader) - [**PyPI**](https://pypi.org/project/bed-reader) - [**Bug reports**](https://github.com/fastlmm/bed-reader/issues) - [**Mailing list**](https://mail.python.org/mailman3/lists/fastlmm-user.python.org) - [**Project Website**](https://fastlmm.github.io/)

نیازمندی

مقدار	نام
-	numpy>=1.13.3
-	pandas>=0.25.1
-	pooch>=1.4.0
-	chardet>=5.1.0

نحوه نصب

نصب پکیج whl bed-reader-0.2.9:

pip install bed-reader-0.2.9.whl

نصب پکیج tar.gz bed-reader-0.2.9:

pip install bed-reader-0.2.9.tar.gz