معرفی شرکت ها

bcl2fq-local-0.2.0

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.2.0
0.1.5
0.1.2
0.1.1
0.2.0
0.1.5
0.1.2
0.1.1

توضیحات

Bcl2fastq wrapper
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل bcl2fq-local-0.2.0
نام bcl2fq-local
نسخه کتابخانه 0.2.0
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Wang Jianghao
ایمیل نویسنده haozi.vv@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/seahurt/bcl2fq-local
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/bcl2fq-local/
مجوز MIT
# bcl2fq-local A bcl2fastq and qc wrapper # Install ```bash pip install bcl2fq-local ``` or ```bash git clone URL cd bcl2fq-local python setup.py install ``` # Usage For Bcl2fastq ```text usage: bcl2fq-local [-h] [-i DirPath] [-o DirPath] [--sample-sheet File] [--mismatch N] [--process N] [--io-process Num] [--binpath File] [--dry-run] [--mask MASK] [--mask-reads N] [--mask-index N] [-v] A bcl2fastq wrapper optional arguments: -h, --help show this help message and exit -i DirPath Sequence run dir -o DirPath Output dir for fastq files --sample-sheet File Using custom sample sheet file --mismatch N Mismatch for barcode, default: 1 --process N Process number for demultiplexing and processing --io-process Num Process number for reading and writing --binpath File bcl2fastq binary file path --dry-run Only print the cmd without running it --mask MASK using self defined mask --mask-reads N set reads mask base count, default is: 0,0 --mask-index N set index mask base count, default is: 0,0 -v, --version show version info ``` For QC ```text usage: qc-local [-h] [-r RAW_DIR] [-c CLEAN_DIR] [-q QC_DIR] [-2 ADAPTER_DIR] [-t THREADS] [--paired-end] [-v] A qc wrapper optional arguments: -h, --help show this help message and exit -r RAW_DIR Raw reads dir input -c CLEAN_DIR Dir to write output clean reads -q QC_DIR Dir to write qc info file, default: <clean_dir>/QC -2 ADAPTER_DIR Dir to write removed reads, default: <clean_dir>/002 -t THREADS Threads number for parallel, default:8 --paired-end Use qc for paired end reads -v, --version Show version info ```


نیازمندی

مقدار نام
- xmltodict


نحوه نصب


نصب پکیج whl bcl2fq-local-0.2.0:

    pip install bcl2fq-local-0.2.0.whl


نصب پکیج tar.gz bcl2fq-local-0.2.0:

    pip install bcl2fq-local-0.2.0.tar.gz