معرفی شرکت ها

bcbio_monitor-1.0.6

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
1.0.6
1.0.5
1.0.2
1.0.1
1.0
0.2.0
0.1.3
0.1.1
0.1
1.0.1

توضیحات

bcbio-monitor is an extension of bcbio-nextgen to visualize its progress
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل bcbio_monitor-1.0.6
نام bcbio_monitor
نسخه کتابخانه 1.0.6
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Guillermo Carrasco
ایمیل نویسنده guille.ch.88@gmail.com
آدرس صفحه اصلی https://github.com/guillermo-carrasco/bcbio-nextgen-monitor
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/bcbio_monitor/
مجوز MIT
<p align="center"> <a href="https://github.com/guillermo-carrasco/bcbio-nextgen-monitor"> <img width="370" height="200" src="artwork/logo-letters.png"/> </a> </p> [![PyPI version](https://badge.fury.io/py/bcbio_monitor.svg)](https://badge.fury.io/py/bcbio_monitor) [![bioconda-badge](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat-square)](http://bioconda.github.io) ![Screenshot](docs/images/monitor.png) ### What is this? [bcbio-nextgen][bcbio] is a python toolkit providing best-practice pipelines for fully automated high throughput sequencing analysis. **bcbio-monitor** is an independent web application to track `bcbcio-nextgen` analyses. Going to the point, you only tell `bcbio-monitor` where [bcbio-nextgen-debug.log][bcbio-logging] is (either in your local machine or on a remote server), and it'll do the work. **For a technical overview of bcbio-monitor**, please read [this][tech-post] blog post. ### Quick start With pip: pip install bcbio_monitor wget https://raw.githubusercontent.com/guillermo-carrasco/bcbio-nextgen-monitor/master/tests/data/bcbio-nextgen-debug.log bcbio_monitor bcbio-nextgen-debug.log --title "Test bcbio-monitor" With [conda][conda]: conda install -c bioconda bcbio_monitor wget https://raw.githubusercontent.com/guillermo-carrasco/bcbio-nextgen-monitor/master/tests/data/bcbio-nextgen-debug.log bcbio_monitor bcbio-nextgen-debug.log --title "Test bcbio-monitor" Run `bcbio_monitor -h` to get information about usage. Please don't hesitate to [open an issue][issue] if something is not clear. #### Configuration bcbio-monitor expects a configuration file in [yaml][yaml] format to be located in `~/.bcbio/monitor.yaml`. There are two main sections that you may want to consider, those are `flask` and `remote`. * In `server` section, you set [configuration parameters][flask_config] for the Flask app that runs the server. * In `remote` server, you specify connection parameters for the machine where the logfile to read is located. **Note** that if this section is missing, bcbio-monitor will try to read the logfile locally (which can also be useful for finished analysis). A working example of configuration file would be like this: ```yaml server: SERVER_NAME: localhost:5000 # This is the address where bcbio_monitor will be served DEBUG: False remote: host: <remote hostname> port: <SSH port> # Optional username: <remote username> password: <remote user password> # Optional ``` You can also modify the logging level by adding the corresponding section in the same configuration file: ```yaml log: level: INFO # or WARN, ERROR, DEBUG ``` Logging level is `INFO` by default. [bcbio]: https://bcbio-nextgen.readthedocs.org/en/latest/ [bcbio-logging]: https://bcbio-nextgen.readthedocs.org/en/latest/contents/testing.html#logging [tech-post]: http://mussol.org/2015/11/11/bcbio-monitor/ [issue]: https://github.com/guillermo-carrasco/bcbio-nextgen-monitor/issues/new [yaml]: http://yaml.org/ [flask_config]: http://flask.pocoo.org/docs/0.10/config/#builtin-configuration-values [conda]: http://docs.continuum.io/anaconda/index


نحوه نصب


نصب پکیج whl bcbio_monitor-1.0.6:

    pip install bcbio_monitor-1.0.6.whl


نصب پکیج tar.gz bcbio_monitor-1.0.6:

    pip install bcbio_monitor-1.0.6.tar.gz