معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Application building relations between drugs, scientific publications, pubmed, journals and clinical trials.

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bazema-linker-1.2
نام	bazema-linker
نسخه کتابخانه	1.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Baptiste Azéma
ایمیل نویسنده	baptiste@azema.tech
آدرس صفحه اصلی	-
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bazema-linker/
مجوز	LICENSE

Bazema linker ============= Application building relations between drugs, scientific publications, pubmed, journals and clinical trials. The output is a JSON file. ## Design +-------------------------+ | input folder | | + drugs.csv | | | pubmed.csv | | | pubmed.json | | + clinical_trials.csv | +-------------------------+ + move valid | files +------------------+ v +----> | archive folder | +--------+-------+ | +------------------+ | |+--+ | bazema_linker | | python job | move invalid | |±--+ files +----------------+ | +------------------+ + +----> | errors folder | | +------------------+ v +-----------------------------+ | output folder | | + result_2020_10_06.json | +-----------------------------+ Once the job is done, the input files are moved to an `archive` folder. Invalid files (name invalid, format invalid, parsing impossible) are moved to an `errors` folder. ## Structure of input files - `drugs.csv`, 2 columns= `atccode` and`drug` - `pubmed.csv`, 4 columns= `id`, `title`, `date` and `journal` - `pubmed.json`, same structure as a JSON - `clinical_trials.csv`, 4 columns= `id`, `scientific_title`, `date` and `journal` ## Structure of generated output [ { "drug": "drug name", "clinical_trials": [ { "title": "title of article", "date": "2020-01-01" }, {...} ], "pubmed": [ { "title": "title of article", "date": "2020-01-01" }, {...} ], "journals": [ { "date": "2020-01-01", "journal": "journal name" }, {...} ] }, {...} ] ## Usage ### Requirements - Python >= 3.6 #### Installation virtualenv -p python3 venv source venv/bin/activate pip install bazema_linker Display usage bazema_linker -h #### Example bazema_linker --input_dir data --output_dir result #### Development # Install virtualenv -p python3 venv source venv/bin/activate make install # Build make test # coverage tests make linter # runs pylint make build ## Ad-hoc Top journals You can get the name of the journal with the most different drugs using the script `top_journals.py` and a result file produced by `bazema_linker`. ### Usage # no depedency required python top_journals.py result/result_2020-10-06.json # output Journal with most different drugs is "Science" with a total of "15" different drugs. ## TODO - Handle high volume of data, like few tera-octets -> use a highly scalable framework (i.e. Apache Spark, Apache Beam). Pay attention when broadcasting data across workers. - Deploy to Pypi using Github Actions

زبان مورد نیاز

مقدار	نام
~=3.6	Python

نحوه نصب

نصب پکیج whl bazema-linker-1.2:

pip install bazema-linker-1.2.whl

نصب پکیج tar.gz bazema-linker-1.2:

pip install bazema-linker-1.2.tar.gz