معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Inferring traits by 16S

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bayerstraits_16s-1.0.6
نام	bayerstraits_16s
نسخه کتابخانه	1.0.6
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Anni Zhang
ایمیل نویسنده	anniz44@mit.edu
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/caozhichongchong/BayersTraits_16S
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bayerstraits_16s/
مجوز	MIT

# bayerstraits_16s # This is a temp version of bayerstraits_16s ## Introduction * bayerstraits_16s infers traits by 16S * input: otu table (-t) and otu sequences (-s) * requirement: mafft * Optional: fasttree ![alt text](https://raw.githubusercontent.com/caozhichongchong/bayerstraits_16s/master/Methodology.png) ## Install `pip install bayerstraits_16s`\ in preparation: `anaconda download caozhichongchong/bayerstraits_16s` ## Test (any of these two commands) `bayerstraits_16s --test`\ `bayerstraits_16s -t your.otu.table -s your.otu.seqs` ## Availability in preparation: https://anaconda.org/caozhichongchong/bayerstraits_16s https://pypi.org/project/bayerstraits_16s ## How to use it 1. test the bayerstraits_16s\ `bayerstraits_16s --test` 2. try your data\ `bayerstraits_16s -t your.otu.table -s your.otu.seqs`\ `bayerstraits_16s -t your.otu.table -s your.otu.seqs -top 2000`\ Warning: please keep the exactly same OTU IDs in your.otu.table and your.otu.seqs! 3. use your own traits\ `bayerstraits_16s -t your.otu.table -s your.otu.seqs --rs your.own.reference.16s --rt your.own.reference.traits` * your.own.reference.16s is a fasta file containing the 16S sequences of your genomes\ \>Genome_ID1\ ATGC...\ \>Genome_ID2\ ATGC... * your.own.reference.traits is a metadata of whether there's trait in your genomes (0 for no and 1 for yes)\ Genome_ID1 0\ Genome_ID1 1 ## Results The result dir of "Bayers_model": * `filename.infertraits.txt`: the OTUs inferring as butyrate-producing bacteria (1.0, 0.5) and non-butyrate-producing bacteria (0.0). * `filename.infertraits.abu`: the total abundance of butyrate-producing bacteria in all samples. * `filename.infertraits.otu_table`: the otu_table of butyrate-producing bacteria in all samples. The result dir of "Filtered_OTU": * Some temp files of filtered OTUs, alignment, and tree. ## Copyright Copyright: An Ni Zhang, Prof. Eric Alm, Alm Lab in MIT\ Citation: Not yet, coming soon!\ Contact: anniz44@mit.edu

نحوه نصب

نصب پکیج whl bayerstraits_16s-1.0.6:

pip install bayerstraits_16s-1.0.6.whl

نصب پکیج tar.gz bayerstraits_16s-1.0.6:

pip install bayerstraits_16s-1.0.6.tar.gz