معرفی شرکت ها


barseq-1.0.1


Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Analysis of barseq data.
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل barseq-1.0.1
نام barseq
نسخه کتابخانه 1.0.1
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده Emanuel Burgos
ایمیل نویسنده eburgos@wisc.edu
آدرس صفحه اصلی https://github.com/mjmlab/barseq
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/barseq/
مجوز BSD
[![Build Status](https://travis-ci.com/eburgoswisc/barseq.svg?branch=master)](https://travis-ci.com/eburgoswisc/barseq) ![Python 3.7](https://img.shields.io/badge/python-3.7-blue.svg) # barseq Python package for analyzing barseq data. ### Installation ```bash pip install git+https://github.com/mjmlab/barseq.git@master ``` ### Usage ```bash barseq -i <directory of sequencing reads> -b <barcode file> -e <experiment name> ``` `-i` / `--input` - Directory with Illumina reads in either fastq or fastq.gz. `-b` / `--barcodes` - CSV file with barcode and correspondent gene names. `-e` / `--experiment` - Name of experiment, it is used for creating results folder. ### Files Needed **Directory of Illumina reads [`-i`]** for analyzing. Can be either fastq or fastq.gz format ```text @M06026:87:000000000-D69HY:1:1102:15909:1336 1:N:0:TGACCA CTCTAGAAAGTATAGGAACTTCAGGGCCATTTATATACCTTCCACTCTTCAACCGTGTCTTGACTTGACCTGGATGTCTCTACTGCTGTCATGCTACGTAGCTCATGCTACGTCGATCTAGTCGATGCATGCTAGCTGATCGACTCTCTTC + A#>>>3AA2DD>FBFGBFBFBFDDFGGAAEEEHDHFFFDDDBDGDFDDDDDADFGFFDDBFFEBFD5DFEEBBADABFGFGBBFGDD5BF3F43B3F1/11B144BGEBF@BBFB0B0BBFBBBBBBBB?E/FGFBB?/???B???/?FGG ``` **Barcode file [`-b`]** with gene names. Needs to be in CSV format. ```text Barcode,Gene ATGAAGACTGTTGCCGTA,WT CACGACGCCCTCCGCGGA,gene1 ACTATTACGCAAAATAAT,gene2 ATGGAAGATATTATTATT,gene3 CCTCTCCAACCGGGTCTG,gene4 CCCGGTCGCCTAGCCCCG,gene5 GGCCCCCCGCCCGTCCCC,gene6 GGATCACTGCTAGCGTAT,gene7 CCTGCAGCAGCGGCCCGC,gene8 ACACATGCAGACATAGAG,gene9 CGCGCCATCCGCCGCCCA,gene10 AATATTCAGATGGGACGT,gene11 ``` ### Output #### `results/` directory - <experiment>_results.csv: barcode counts found in each sequence file. | Gene | Barcode | Sample 1 | Sample 2 | Sample 3 | ... | | ---- | -------------------- | --------:| --------:| --------:| --- | | gene1| `ATGAAGACTGTTGCCGTA` | 500 | 5 | 7 | ... | | gene2| `CACGACGCCCTCCGCGGA` | 12 | 13 | 19 | ... | | gene3| `ACTATTACGCAAAATAAT` | 13 | 11 | 10 | ... | |_other| _other | 28 | 40 | 29 | ... | ### Barseq Workflow ![barseq_diagram](docs/barseq_workflow.png)


نیازمندی

مقدار نام
>=0.24.2 pandas
>=1.0 screed
>=4.6.2 pytest
>=2.7.1 pytest-cov
>=1.5.0 matplotlib
>=0.6.0 seaborn
>=1.10.0 numpy
>=0.12.0 python-Levenshtein
>=2019.05.25 regex


نحوه نصب


نصب پکیج whl barseq-1.0.1:

    pip install barseq-1.0.1.whl


نصب پکیج tar.gz barseq-1.0.1:

    pip install barseq-1.0.1.tar.gz