معرفی شرکت ها

bamsalvage-0.1.7

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.1.7
0.1.6
0.1.5
0.1.4
0.1.3.1
0.1.3
0.1.2.2
0.1.2
0.0.1
0.1.7
0.1.6
0.1.5
0.0.1

توضیحات

Sequence salvaging script from corrupted BAM files
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل bamsalvage-0.1.7
نام bamsalvage
نسخه کتابخانه 0.1.7
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده -
ایمیل نویسنده "Takaho A. Endo" <takaho.endo@gmail.com>
آدرس صفحه اصلی -
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/bamsalvage/
مجوز -
# bamsalvage ## INTRODUCTION bamsalvage is a tools to recover sequence reads as much as possible from possibly corrupted BAM files. This software share the common purpose with bamrescue by Jérémie Roquet (https://bamrescue.arkanosis.net/). bamrescue detects corrupted BGZF block using CRC32 checksums and skip corrupted blocks and the method works well if all blocks begin with new reads. When we would like to recover long-read sequences, a read can span more than one BGZF blocks since the maximum block size is less than sequencer outputs. Skipping corrupted blocks does not solve such the troubles and often results in termination of Samtools and failure of sequence recovery. bamsalvage scans next available start positions when any corrupted blocks are detected. Since the goal of the software is rescuing sequences, bamsalvage do not recover all information included in BAM file but retrieves reads and qual sequences. ## INSTALL ``` pip install bamsalvage ``` ## USAGE ``` bamsalvage -i [FILE] -o {DIRECTORY] --mode [fa,fa.gz,fastq,fastq.gz] [--verbose] ``` ``` Options: -i, --input <FILE> Input BAM file -o, --output <FILE> Output filename -l, --limit <integer> Limiting counts [default: 0] --mode Output format (fa:fasta, fa.gz:gzipped fasta, fastq:fastq, fastq.gz(default):gzipped fastq) -v, --verbose verbosity -h, --help Print help ```


نیازمندی

مقدار نام
- mgzip
- numba
- numpy


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.7 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl bamsalvage-0.1.7:

    pip install bamsalvage-0.1.7.whl


نصب پکیج tar.gz bamsalvage-0.1.7:

    pip install bamsalvage-0.1.7.tar.gz