معرفی شرکت ها

bamAlignCleaner-0.2.2

Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
Card image cap
تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر
0.2.2
0.2.1
0.2
0.1
0.2.2
0.2.1
0.2
0.1

توضیحات

Removes unaligned references in BAM alignment file
ویژگی مقدار
سیستم عامل -
نام فایل bamAlignCleaner-0.2.2
نام bamAlignCleaner
نسخه کتابخانه 0.2.2
نگهدارنده []
ایمیل نگهدارنده []
نویسنده -
ایمیل نویسنده -
آدرس صفحه اصلی https://github.com/maxibor/bamAlignCleaner
آدرس اینترنتی https://pypi.org/project/bamAlignCleaner/
مجوز MIT
[![bamAlignCleaner-CI](https://github.com/maxibor/bamAlignCleaner/actions/workflows/ci.yml/badge.svg)](https://github.com/maxibor/bamAlignCleaner/actions/workflows/ci.yml) [![PyPI](https://img.shields.io/pypi/v/bamAlignCleaner?color=green&label=Install%20with%20pip)](https://pypi.org/project/bamAlignCleaner/) [![](https://img.shields.io/badge/install%20with-bioconda-brightgreen.svg?style=flat)](https://anaconda.org/bioconda/bamAlignCleaner) # bamAlignCleaner A simple utility tool to remove references with no aligned reads in a `bam`/`cram` file ## Installation * with pip ```bash pip install bamAlignCleaner ``` * with conda ```bash conda install -c bioconda bamAlignCleaner ``` ## Usage * Quick start ```bash bamAlignCleaner input.bam ``` * Advanced ```bash bamAlignCleaner --output output.bam --method parse input.bam ``` ## Help ```bash $ bamAlignCleaner --help Usage: bamAlignCleaner [OPTIONS] BAM bamAlignCleaner: removes unaligned references in BAM/CRAM alignment files * Homepage: https://github.com/maxibor/bamAlignCleaner * Author: Maxime Borry BAM: BAM alignment file (sorted, and optionally indexed) Options: --version Show the version and exit. -m, --method [parse|index_stat] unaligned reference removal method [default: parse] -o, --output FILE filtered bam file [default: STDOUT] --help Show this message and exit. ``` ## Methods bamAlignCleaner uses either one of the two following methods to remove references not having reads mapped against them. * The `parse` method goes through each read of the alignment file and keeps the references if the read maps to it. *This method should be faster if you have more references than reads.* * The `check_index` checks index for the number of mapped reads to each reference. *This method should be faster if you have more reads than references.*


نیازمندی

مقدار نام
- pysam
- tqdm
- click


زبان مورد نیاز

مقدار نام
>=3.6 Python


نحوه نصب


نصب پکیج whl bamAlignCleaner-0.2.2:

    pip install bamAlignCleaner-0.2.2.whl


نصب پکیج tar.gz bamAlignCleaner-0.2.2:

    pip install bamAlignCleaner-0.2.2.tar.gz