معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

View Bam in Highlighted HTML

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	bam2html-1.0.5
نام	bam2html
نسخه کتابخانه	1.0.5
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	suqingdong
ایمیل نویسنده	1078595229@qq.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/suqingdong/bam2html
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/bam2html/
مجوز	BSD License

[![DOI](https://zenodo.org/badge/291003590.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.4005607) ![GitHub (Pre-)Release Date](https://img.shields.io/github/release-date-pre/suqingdong/bam2html) # Generate Highlighted HTML of Bam > highlight the specific sites of bam with `samtools tview` ## Dependencies - Linux/Unix - Python2/Python3 - samtools - tar/gzip/zip [optional for compressing] ## Installation ```bash pip install bam2html ``` ## Usage ```bash bam2html -b <input.bam> chrom:pos # single position bam2html -b <input.bam> chrom:pos1,pos2... # multiple positions bam2html -b <input.bam> chrom:start-end # a region of positions bam2html -b <input.bam> chrom:pos -r /path/to/reference.fa # with reference bam2html -b <input.bam> chrom:pos -c 300 # set the width of window bam2html -b <input.bam> chrom:pos -color pink -bg green # set colors bam2html -bl bam_list pos_list # batch mode bam2html -bl bam_list pos_list -s # generate summary.html bam2html -bl bam_list pos_list -s -x zip # compress the result with zip bam2html -bl bam_list pos_list -s -x tar.gz # compress the result with tar/gzip ``` ### Example Results - single position: [demo.1_985460.html](https://suqingdong.github.io/bam2html/example/demo.1_985460.html) - multiple positions: [demo.1_985460,985463,985469.html](https://suqingdong.github.io/bam2html/example/demo.1_985460,985463,985469.html) - region positions: [demo.1_985461-985465.html](https://suqingdong.github.io/bam2html/example/demo.1_985461-985465.html) - summary result: [summary.html](https://suqingdong.github.io/bam2html/example/summary.html) ## Meaning of Base's Colors | Color | Mapping Quality | Selector | | - | - | - | | Blue | 0-9 | .tviewcu1 | | Green | 10-19 | .tviewc2 | | Yellow | 20-29 | .tviewc3 | | Black |>=30 | .tviewc4 | > Underline: Secondary or orphan --- ## Documents https://bam2html.readthedocs.io

نحوه نصب

نصب پکیج whl bam2html-1.0.5:

pip install bam2html-1.0.5.whl

نصب پکیج tar.gz bam2html-1.0.5:

pip install bam2html-1.0.5.tar.gz