معرفی شرکت ها

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

تبلیغات ما

مشتریان به طور فزاینده ای آنلاین هستند. تبلیغات می تواند به آنها کمک کند تا کسب و کار شما را پیدا کنند.

مشاهده بیشتر

توضیحات

Python package to reconstruct axonal branches from high-density micro-electrode array data

ویژگی	مقدار
سیستم عامل	-
نام فایل	axon-velocity-0.1.2
نام	axon-velocity
نسخه کتابخانه	0.1.2
نگهدارنده	[]
ایمیل نگهدارنده	[]
نویسنده	Alessio Buccino, Xinyue Yuan
ایمیل نویسنده	alessiop.buccino@gmail.com
آدرس صفحه اصلی	https://github.com/alejoe91/axon_velocity
آدرس اینترنتی	https://pypi.org/project/axon-velocity/
مجوز	-

[![PyPI version](https://badge.fury.io/py/axon-velocity.svg)](https://badge.fury.io/py/axon-velocity) [![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.4896745.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.4896745) # Axon velocity Graph-based algorithm to reconstruct axonal branches and compute velocities from extracellular multi-electrode array (MEA) recordings in Python. ## Installation To install the `axon_velocity` package, you can clone the repo and install using pip: ```bash pip install axon_velocity ``` To install from sources: ```bash git clone https://github.com/alejoe91/axon_velocity.git cd axon_velocity python setup.py install (or develop) ``` ### Requirements `axon_velocity` depends on the following packages, which are automatically installed - numpy - matplotlib - scipy - networkx - sklearn - MEAutility - probeinterface For the simulation notebooks in the `simulation_notebooks` folder, additional requirements are needed: - [NEURON](https://www.neuron.yale.edu/neuron/) - [LFPy](https://lfpy.readthedocs.io/en/latest/) - [neuroplotlib](https://github.com/alejoe91/neuroplotlib) All additional requirements can be installed with: `pip install -r requirements_fill.txt` ## Usage The inputs to the tracking algorithm are: - templates: mean extracellular waveforms (n_channels x n_samples) - locations: x-y position of electrodes (n_channels x 2) - fs: sampling frequency (float) The graph-based method can be run as follows: ```python import axon_velocity as av gtr = av.compute_graph_propagation_velocity(template=your_template, locations=your_locations, fs=fs) ``` To inspect available arguments, you can use `av.compute_graph_propagation_velocity?`. The output `gtr` is an object of a class called `GraphAxonTracking`. It contains the following fields: - `branches`: List of dictionaries containing the following fields: - 'selected_channels': selected channels in the path - 'velocity': velocity estimate in mm/s (if locations in um and fs in Hz) - 'offset': offset of velocity estimate (same units as locations) - 'r2': r-squared of the velocoty fit - 'error': standard error of the linear fit - 'pval': p_value of the fit - 'distances': array with distances computed along the branch - 'peak_times': array with peak differences with initial channel - 'init_channel': channel used as initial channel - `selected_channels`: List of selected channels - `graph`: NetworkX directed graph The `GraphAxonTracking` also implements useful methods for plotting the selected channels (`gtr.plot_channel_selection()`), plot the underlying graph (`gtr.plot_graph()`), plot the selected axonal branches (`gtr.plot_branches()`), and plot the estimated velocities for each branch (`gtr.plot_velocities()`). ## Contribute Contributions are welcome! Before pushing, make sure to clean up all notebooks with `nbconvert`: `pip install nbconvert` (just once) `jupyter nbconvert --to notebook --ClearOutputPreprocessor.enabled=True --ClearMetadataPreprocessor.enabled=True --inplace **/*.ipynb` (before committing)

نیازمندی

مقدار	نام
-	numpy
-	matplotlib
-	scipy
-	networkx
-	sklearn
-	MEAutility
-	probeinterface

نحوه نصب

نصب پکیج whl axon-velocity-0.1.2:

pip install axon-velocity-0.1.2.whl

نصب پکیج tar.gz axon-velocity-0.1.2:

pip install axon-velocity-0.1.2.tar.gz